More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0266 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  59.37 
 
 		 645 aa  759    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  77.92 
 
 		 677 aa  962    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  100 
 
 		 690 aa  1385    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  62.78 
 
 		 696 aa  813    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  57.39 
 
 		 653 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  59.8 
 
 		 645 aa  754    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  59.42 
 
 		 642 aa  765    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  52.17 
 
 		 668 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  51.43 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.97 
 
 		 565 aa  250  6e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 461 aa  249  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 508 aa  211  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 451 aa  207  7e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  31.91 
 
 		 516 aa  206  9e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.62 
 
 		 516 aa  202  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  37.59 
 
 		 460 aa  187  4e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  33.33 
 
 		 518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  33.71 
 
 		 536 aa  176  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  33 
 
 		 518 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  34.9 
 
 		 518 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 518 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  33 
 
 		 518 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 530 aa  173  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  35 
 
 		 518 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  35 
 
 		 518 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 518 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 518 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 514 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 518 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  34 
 
 		 518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 518 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  42.11 
 
 		 520 aa  163  8.000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  64.02 
 
 		 614 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 559 aa  160  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  29.97 
 
 		 521 aa  157  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 349 aa  150  8e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  30.91 
 
 		 518 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.61 
 
 		 797 aa  144  8e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  31.39 
 
 		 524 aa  144  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 498 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 227 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 395 aa  141  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 459 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 395 aa  140  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  45 
 
 		 306 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  45 
 
 		 307 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 303 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 314 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 342 aa  139  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 355 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.62 
 
 		 325 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 355 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 381 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 316 aa  137  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 302 aa  137  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.64 
 
 		 308 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 312 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 433 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  40 
 
 		 427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  44.72 
 
 		 424 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.71 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 476 aa  136  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 507 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 304 aa  135  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 794 aa  135  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 280 aa  135  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 382 aa  135  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 539 aa  135  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.59 
 
 		 474 aa  135  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 237 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 507 aa  134  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 355 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 636 aa  134  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 638 aa  134  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 730 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 353 aa  134  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 1078 aa  133  9e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.13 
 
 		 820 aa  133  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 524 aa  133  9e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 516 aa  133  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 650 aa  133  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  45.12 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 461 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 464 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.37 
 
 		 301 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 403 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 309 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 794 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 464 aa  132  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 436 aa  132  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 347 aa  132  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 492 aa  132  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 370 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>