More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2754 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  100 
 
 		 355 aa  728    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  78.41 
 
 		 352 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  77.18 
 
 		 355 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  75.51 
 
 		 355 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  68.29 
 
 		 354 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  64.57 
 
 		 355 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  66.28 
 
 		 354 aa  481  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 352 aa  286  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 369 aa  286  5e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  43.44 
 
 		 372 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 351 aa  266  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 350 aa  242  7e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 504 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 342 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 342 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 342 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 342 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35 
 
 		 351 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 352 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 352 aa  206  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 347 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.73 
 
 		 339 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  34.37 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  35.67 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  33.86 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.23 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 352 aa  187  4e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.84 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.86 
 
 		 328 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  34.38 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 353 aa  176  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 349 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 630 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 339 aa  156  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  33.23 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 340 aa  152  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.36 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.07 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 753 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  48.78 
 
 		 457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 533 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  46.47 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 628 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 518 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 532 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.89 
 
 		 1262 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.01 
 
 		 367 aa  143  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 355 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  50 
 
 		 764 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 764 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  50 
 
 		 764 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.28 
 
 		 425 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  38.72 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 172 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 642 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.01 
 
 		 455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.72 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.34 
 
 		 418 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.96 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 772 aa  140  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  46.67 
 
 		 493 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 758 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 696 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 550 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 506 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>