More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2126 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  100 
 
 		 341 aa  707    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  84.16 
 
 		 341 aa  607  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  73.31 
 
 		 341 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  73.9 
 
 		 341 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  72.73 
 
 		 341 aa  534  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  73.02 
 
 		 341 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  73.31 
 
 		 341 aa  532  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  73.31 
 
 		 341 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  73.02 
 
 		 341 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  73.16 
 
 		 341 aa  526  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  72.73 
 
 		 341 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  70.8 
 
 		 339 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  69.41 
 
 		 347 aa  485  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  67.45 
 
 		 341 aa  478  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  64.41 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  63.72 
 
 		 341 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  48.67 
 
 		 337 aa  351  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  47.79 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  47.49 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  46.36 
 
 		 340 aa  322  7e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 355 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 351 aa  169  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.21 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 355 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.3 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.49 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  32.91 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 352 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.31 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 355 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 353 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 347 aa  145  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 369 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 369 aa  143  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.5 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.77 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 348 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 504 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.01 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.52 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 547 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.82 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.88 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.2 
 
 		 570 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 628 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 298 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.22 
 
 		 574 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.11 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 796 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 623 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 501 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 476 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.77 
 
 		 418 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  40.49 
 
 		 849 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.78 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 410 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 650 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 794 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 427 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  24.38 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 796 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 722 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 503 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 659 aa  116  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0129  metal dependent phosphohydrolase  39.18 
 
 		 505 aa  116  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 516 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 554 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>