More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2001 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  100 
 
 		 347 aa  716    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  72.49 
 
 		 341 aa  525  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  73.37 
 
 		 341 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  74.56 
 
 		 341 aa  524  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  71.89 
 
 		 341 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  72.94 
 
 		 341 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  71.89 
 
 		 341 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  71.6 
 
 		 341 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  73.08 
 
 		 341 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  71.3 
 
 		 341 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  71.89 
 
 		 341 aa  508  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  69.41 
 
 		 341 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  66.86 
 
 		 339 aa  474  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  66.77 
 
 		 341 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  63.02 
 
 		 341 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  62.69 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  48.07 
 
 		 337 aa  352  5e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  46.59 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  47.34 
 
 		 339 aa  342  5.999999999999999e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 340 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 351 aa  175  9e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.72 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.25 
 
 		 355 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.21 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 352 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 352 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.97 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 368 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.09 
 
 		 333 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 369 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.7 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 369 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 347 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 342 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  26.76 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.84 
 
 		 425 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.13 
 
 		 574 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 353 aa  123  6e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 359 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 508 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.89 
 
 		 570 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.67 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.12 
 
 		 367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 378 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  35.45 
 
 		 722 aa  116  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 		 772 aa  115  7.999999999999999e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 476 aa  115  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 526 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.68 
 
 		 234 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.85 
 
 		 1079 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 758 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 464 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 396 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 578 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 578 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 544 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 578 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 490 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  30.96 
 
 		 422 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 628 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 		 901 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.88 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  38.46 
 
 		 581 aa  109  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>