More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3627 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  100 
 
 		 526 aa  1078    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  91.25 
 
 		 526 aa  996    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  48.94 
 
 		 527 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 544 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 523 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 523 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 545 aa  490  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 524 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 532 aa  451  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 532 aa  444  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  44.78 
 
 		 517 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  47.9 
 
 		 529 aa  440  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  43.89 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  40.93 
 
 		 520 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  46.89 
 
 		 448 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.23 
 
 		 533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 532 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.45 
 
 		 536 aa  364  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 547 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 583 aa  161  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  28.75 
 
 		 729 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  46.06 
 
 		 506 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  46.06 
 
 		 506 aa  137  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  26.82 
 
 		 722 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 314 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 317 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 791 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 591 aa  135  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  42.77 
 
 		 410 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 410 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  42.77 
 
 		 410 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.39 
 
 		 418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 459 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 430 aa  134  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40.22 
 
 		 443 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.44 
 
 		 461 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.12 
 
 		 425 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  25.31 
 
 		 744 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 559 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  25.13 
 
 		 744 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 457 aa  133  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 487 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 539 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.71 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  24.73 
 
 		 744 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  25.13 
 
 		 744 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  46.34 
 
 		 600 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.62 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.56 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  24.79 
 
 		 733 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 720 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 564 aa  130  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.64 
 
 		 505 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.77 
 
 		 353 aa  130  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 385 aa  130  7.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 349 aa  130  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 351 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.26 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 403 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 642 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 351 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 432 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  27.29 
 
 		 726 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 726 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 249 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 661 aa  128  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  44.87 
 
 		 486 aa  128  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 559 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 537 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 432 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.61 
 
 		 634 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  26.24 
 
 		 726 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.2 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 620 aa  127  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 		 302 aa  127  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  45.62 
 
 		 322 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 389 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 387 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 523 aa  127  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 352 aa  126  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.45 
 
 		 457 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  25.13 
 
 		 574 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>