More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3282 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  97.32 
 
 		 544 aa  1035    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  91.01 
 
 		 523 aa  965    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  80.23 
 
 		 527 aa  854    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  100 
 
 		 523 aa  1057    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  50.1 
 
 		 526 aa  519  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 526 aa  509  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 545 aa  479  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  50.72 
 
 		 524 aa  479  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  40.23 
 
 		 520 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.56 
 
 		 489 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 517 aa  427  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  49.33 
 
 		 448 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  44.02 
 
 		 533 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  46.36 
 
 		 529 aa  408  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.68 
 
 		 532 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 532 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 536 aa  377  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 547 aa  359  8e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 591 aa  146  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 583 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 362 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 324 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 487 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 357 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  43.65 
 
 		 568 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 480 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 489 aa  133  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.18 
 
 		 461 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 564 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 519 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 		 901 aa  132  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.8 
 
 		 418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 559 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27.39 
 
 		 542 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 580 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 668 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  49.42 
 
 		 385 aa  131  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 735 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.72 
 
 		 668 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.68 
 
 		 353 aa  130  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 642 aa  130  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 485 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  47.31 
 
 		 466 aa  130  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  48.52 
 
 		 457 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41 
 
 		 523 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 659 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 		 580 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  45 
 
 		 517 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 353 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 631 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 1078 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 438 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 571 aa  127  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.63 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 479 aa  127  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 753 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.79 
 
 		 796 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 372 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 454 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  47.59 
 
 		 457 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 454 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 466 aa  127  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 466 aa  127  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 466 aa  127  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  33.14 
 
 		 466 aa  127  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.86 
 
 		 634 aa  127  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 466 aa  127  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 634 aa  127  7e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  25.53 
 
 		 548 aa  127  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 373 aa  127  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.08 
 
 		 800 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.4 
 
 		 425 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 574 aa  126  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.38 
 
 		 413 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.85 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  48.47 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 467 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.74 
 
 		 796 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  48.17 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 508 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.44 
 
 		 796 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 552 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 363 aa  124  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 539 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 354 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.9 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 351 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 324 aa  124  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  46.99 
 
 		 462 aa  124  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>