More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1586 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  98.54 
 
 
410 aa  844    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.78 
 
 
410 aa  846    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  98.84 
 
 
430 aa  890    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  98.84 
 
 
430 aa  889    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.07 
 
 
430 aa  892    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  99.02 
 
 
410 aa  847    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  100 
 
 
430 aa  898    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  98.54 
 
 
410 aa  844    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.07 
 
 
430 aa  891    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  67.98 
 
 
410 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.62 
 
 
424 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
620 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 
302 aa  147  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.41 
 
 
1000 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
539 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.67 
 
 
738 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.55 
 
 
659 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
237 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  47.65 
 
 
564 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
427 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
570 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
1471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 
686 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.62 
 
 
454 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
364 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 
505 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 
1078 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 
827 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
791 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
768 aa  133  5e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.8 
 
 
418 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  40.94 
 
 
526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 
438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.29 
 
 
459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  38.77 
 
 
432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
901 aa  131  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  31.29 
 
 
632 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
350 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  33.58 
 
 
437 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.91 
 
 
578 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 
419 aa  130  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.73 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.69 
 
 
321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  29.72 
 
 
459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.31 
 
 
420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.51 
 
 
581 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.53 
 
 
416 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  33.83 
 
 
428 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.31 
 
 
909 aa  128  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.61 
 
 
1021 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 
314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 
309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.85 
 
 
482 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
378 aa  127  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.98 
 
 
634 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
490 aa  126  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.04 
 
 
492 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
385 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 
367 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
532 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
611 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
736 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
385 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 
730 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
336 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 
564 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40 
 
 
362 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
342 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  37.96 
 
 
319 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.81 
 
 
487 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
385 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.07 
 
 
777 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
342 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
366 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
532 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 
448 aa  124  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.56 
 
 
457 aa  124  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  40.21 
 
 
525 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  38.46 
 
 
448 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.24 
 
 
469 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.78 
 
 
572 aa  124  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  40 
 
 
349 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.24 
 
 
689 aa  123  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 
321 aa  123  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.85 
 
 
416 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
317 aa  123  6e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.94 
 
 
357 aa  123  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
559 aa  122  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
373 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  37.07 
 
 
637 aa  123  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3126  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.77 
 
 
839 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
351 aa  122  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
753 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  31.01 
 
 
823 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  37.1 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.06 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
578 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>