More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00151 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  100 
 
 		 353 aa  730    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  47.17 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 357 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 555 aa  142  8e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 753 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 364 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  32.2 
 
 		 266 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.66 
 
 		 474 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 485 aa  135  9e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  35.82 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 583 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  43.67 
 
 		 634 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 571 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 385 aa  132  6.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 527 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 532 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 532 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 772 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  45.34 
 
 		 533 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 395 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 532 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 395 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 736 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 523 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 526 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 661 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 396 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 340 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  40.5 
 
 		 626 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 580 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 485 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35 
 
 		 487 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 536 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.45 
 
 		 457 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 650 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 632 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 456 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 581 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  46.06 
 
 		 529 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 		 292 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 572 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 523 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 650 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.52 
 
 		 462 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.23 
 
 		 901 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.05 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  37.95 
 
 		 712 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 467 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  33.44 
 
 		 476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.66 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  40 
 
 		 411 aa  126  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.59 
 
 		 609 aa  126  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 486 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 370 aa  126  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 659 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 634 aa  126  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 580 aa  126  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 495 aa  126  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 403 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 307 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 417 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.38 
 
 		 457 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 325 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 422 aa  125  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 355 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 611 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>