More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0200 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  100 
 
 		 352 aa  724    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 355 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.23 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 353 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 349 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 354 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.27 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.07 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 347 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 339 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 369 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 319 aa  162  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.91 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 355 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 342 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.51 
 
 		 337 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 353 aa  156  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 341 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  28.62 
 
 		 333 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  28.03 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 359 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  28.83 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 504 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  26.75 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 352 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 		 668 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 378 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 		 668 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 464 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 490 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 490 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.11 
 
 		 455 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.21 
 
 		 1079 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.24 
 
 		 457 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 585 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 1339 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.14 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.62 
 
 		 565 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 508 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 526 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 308 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 585 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  44.17 
 
 		 520 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 638 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 523 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 653 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 791 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 		 531 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 485 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.55 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 555 aa  123  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.59 
 
 		 550 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 696 aa  123  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>