More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2241 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  94.08 
 
 		 355 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  100 
 
 		 355 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  64.56 
 
 		 334 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  31.87 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.8 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 345 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 368 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.8 
 
 		 355 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 342 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.34 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 354 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.87 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.03 
 
 		 328 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.91 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 378 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 451 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 732 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 477 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  29.66 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.68 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 348 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 758 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 369 aa  126  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 530 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 454 aa  126  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  33.09 
 
 		 516 aa  125  9e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.56 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  38.55 
 
 		 985 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 557 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  38.07 
 
 		 476 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 764 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 485 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 764 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 696 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 610 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 580 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 565 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.45 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.22 
 
 		 457 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 514 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 422 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.41 
 
 		 516 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  32.09 
 
 		 451 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 349 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 363 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.98 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 172 aa  119  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 263 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.36 
 
 		 1021 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 518 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.01 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 1320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  33 
 
 		 456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 241 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  30 
 
 		 352 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.81 
 
 		 624 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 645 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 323 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>