More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1394 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  100 
 
 		 363 aa  737    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  53.15 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 378 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 343 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 350 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 352 aa  136  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 352 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  30.16 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 342 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 347 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.16 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 451 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  28.97 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.78 
 
 		 965 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 433 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.32 
 
 		 565 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.42 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 384 aa  119  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 518 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 581 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 518 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 518 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 518 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 372 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 369 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  26.9 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 941 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 577 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 650 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 477 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  32 
 
 		 521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 571 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  37.13 
 
 		 946 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 559 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  34.95 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 340 aa  110  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  27.4 
 
 		 422 aa  109  6e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 530 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 518 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 518 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 613 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 512 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 460 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.38 
 
 		 645 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 696 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 714 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 645 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 472 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  37.5 
 
 		 353 aa  107  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 518 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 524 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.88 
 
 		 418 aa  107  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 539 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 583 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 554 aa  106  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 378 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 464 aa  106  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 360 aa  105  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 557 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 328 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 370 aa  105  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 548 aa  105  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 341 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  36.36 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 507 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 571 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 510 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>