More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0313 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  89.95 
 
 		 581 aa  1040    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  100 
 
 		 577 aa  1194    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  99.47 
 
 		 571 aa  1175    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  56.08 
 
 		 569 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  47.04 
 
 		 571 aa  495  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  44.79 
 
 		 577 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 564 aa  332  1e-89  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.73 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  27.22 
 
 		 630 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 565 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 561 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 357 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 638 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 578 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 582 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 570 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.22 
 
 		 611 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 557 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 364 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.65 
 
 		 603 aa  135  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 540 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 459 aa  134  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 1339 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 237 aa  133  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  25.72 
 
 		 612 aa  133  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 362 aa  133  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 247 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 566 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 454 aa  131  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 631 aa  130  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 388 aa  130  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 492 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 320 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.27 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 559 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 660 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 408 aa  128  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 491 aa  128  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 462 aa  128  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45 
 
 		 418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 434 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 628 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 321 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 660 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 416 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 350 aa  127  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 628 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.11 
 
 		 525 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 625 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  25.96 
 
 		 641 aa  127  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 628 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 732 aa  127  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 362 aa  127  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 517 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 732 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 306 aa  126  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 463 aa  126  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 621 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 650 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 355 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 393 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.36 
 
 		 323 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 432 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 622 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 715 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 736 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 258 aa  124  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 452 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.75 
 
 		 425 aa  125  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 		 624 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 390 aa  125  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 610 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.56 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 482 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 482 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 625 aa  125  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 323 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 483 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 426 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.61 
 
 		 550 aa  124  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>