More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0308 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  100 
 
 		 581 aa  1203    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  89.95 
 
 		 577 aa  1074    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  90.02 
 
 		 571 aa  1060    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  54.91 
 
 		 569 aa  621  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 571 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  44.33 
 
 		 577 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 564 aa  352  1e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  26.49 
 
 		 564 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 630 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 565 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 578 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 309 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 638 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 561 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 357 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 557 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 247 aa  140  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 611 aa  140  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 566 aa  140  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  25.43 
 
 		 603 aa  140  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 		 364 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 559 aa  139  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 582 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 1339 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 314 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 540 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 490 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 388 aa  137  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 459 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 456 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 622 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.25 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 462 aa  135  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 306 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 237 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 425 aa  134  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 320 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 434 aa  133  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 736 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.68 
 
 		 308 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 498 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45 
 
 		 425 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 306 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.43 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 354 aa  132  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 463 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.33 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 631 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 562 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 345 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 345 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 350 aa  131  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 532 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 		 469 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.52 
 
 		 730 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 628 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 621 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 628 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 735 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  36.98 
 
 		 459 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.67 
 
 		 320 aa  130  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 408 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 362 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 550 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 612 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 432 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 489 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 491 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.32 
 
 		 1079 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.71 
 
 		 484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 661 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.04 
 
 		 949 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 487 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.54 
 
 		 457 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 370 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 686 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 		 625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 517 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  29.96 
 
 		 363 aa  128  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 461 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 499 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 499 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  40 
 
 		 499 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.28 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 531 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 753 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 452 aa  127  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 350 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>