More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02778 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  100 
 
 		 946 aa  1957    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  40.64 
 
 		 985 aa  702    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  39.45 
 
 		 965 aa  721    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  37.92 
 
 		 976 aa  629  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  34.09 
 
 		 1008 aa  496  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  24.81 
 
 		 1054 aa  242  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 1004 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 		 1018 aa  215  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.7 
 
 		 1030 aa  210  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  24.63 
 
 		 1034 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.35 
 
 		 1258 aa  192  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  24.03 
 
 		 1075 aa  190  1e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.45 
 
 		 1276 aa  187  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  21.94 
 
 		 987 aa  185  4.0000000000000006e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.17 
 
 		 1211 aa  183  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  23.1 
 
 		 949 aa  176  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 		 1453 aa  169  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  23.37 
 
 		 977 aa  162  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  26.19 
 
 		 990 aa  161  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  26.19 
 
 		 990 aa  161  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  22.66 
 
 		 1407 aa  159  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  24.56 
 
 		 1250 aa  157  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  23.34 
 
 		 1404 aa  155  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  24.88 
 
 		 1346 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  23.35 
 
 		 1005 aa  154  8e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  23.49 
 
 		 1105 aa  151  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.78 
 
 		 1378 aa  146  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  24.4 
 
 		 1396 aa  145  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.69 
 
 		 1053 aa  145  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.72 
 
 		 1397 aa  145  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  22.5 
 
 		 1017 aa  144  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.8 
 
 		 1313 aa  144  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.15 
 
 		 1070 aa  144  8e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  22.93 
 
 		 1024 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.13 
 
 		 1237 aa  140  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  22.4 
 
 		 1347 aa  140  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  24.24 
 
 		 1114 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 485 aa  140  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 381 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 485 aa  138  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00965  Putative signal protein with GGDEF domain  25.3 
 
 		 973 aa  138  5e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.051643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06201  Putative signal protein with GGDEF domain  25.3 
 
 		 973 aa  138  5e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147648  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  21.63 
 
 		 1334 aa  138  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  22.66 
 
 		 1306 aa  137  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  21.73 
 
 		 1316 aa  135  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 485 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.67 
 
 		 609 aa  135  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  22.57 
 
 		 1070 aa  135  5e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.81 
 
 		 1378 aa  134  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  22.17 
 
 		 1370 aa  134  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 485 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 487 aa  134  7.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  24.08 
 
 		 1327 aa  134  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  21.07 
 
 		 1344 aa  133  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.32 
 
 		 1242 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.19 
 
 		 1414 aa  133  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 486 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 486 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 486 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 753 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 486 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.63 
 
 		 1226 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 357 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 486 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23 
 
 		 1526 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.28 
 
 		 443 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  23.51 
 
 		 1013 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.22 
 
 		 1374 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.52 
 
 		 565 aa  129  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 401 aa  129  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  21.76 
 
 		 1342 aa  128  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  21.95 
 
 		 1498 aa  128  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  21.71 
 
 		 975 aa  128  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  23.21 
 
 		 1374 aa  127  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 556 aa  127  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 650 aa  126  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  23.69 
 
 		 1340 aa  126  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 732 aa  126  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 641 aa  126  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 357 aa  126  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 525 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 736 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 574 aa  125  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 557 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 1078 aa  125  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.41 
 
 		 325 aa  125  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  41.82 
 
 		 512 aa  125  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 343 aa  125  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.31 
 
 		 560 aa  125  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.29 
 
 		 1363 aa  124  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 610 aa  124  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 565 aa  124  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 532 aa  124  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 631 aa  124  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 493 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 628 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 460 aa  124  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 628 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 466 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 466 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>