More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0993 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.63 
 
 		 1242 aa  1114    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  100 
 
 		 1250 aa  2579    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.27 
 
 		 1226 aa  1135    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 		 1237 aa  1126    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  28.43 
 
 		 1054 aa  323  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.02 
 
 		 1505 aa  303  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 		 936 aa  302  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  27.19 
 
 		 1397 aa  293  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.78 
 
 		 1508 aa  290  9e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 		 1258 aa  289  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.53 
 
 		 1508 aa  289  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  25.4 
 
 		 1515 aa  288  5.999999999999999e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  26.54 
 
 		 1407 aa  286  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.38 
 
 		 1508 aa  285  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.75 
 
 		 1508 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.96 
 
 		 1486 aa  284  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  26.25 
 
 		 1494 aa  277  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  25.51 
 
 		 1378 aa  269  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  41 
 
 		 950 aa  270  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  43 
 
 		 657 aa  266  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  26.99 
 
 		 1374 aa  261  8e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.89 
 
 		 1105 aa  261  8e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  25.77 
 
 		 1378 aa  260  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  25.38 
 
 		 1070 aa  259  2e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  25.75 
 
 		 1093 aa  258  6e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  26.49 
 
 		 1355 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  25.99 
 
 		 1086 aa  256  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  45.23 
 
 		 499 aa  255  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 		 833 aa  253  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.31 
 
 		 1370 aa  252  4e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.58 
 
 		 1504 aa  250  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  25.33 
 
 		 1404 aa  249  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.41 
 
 		 1504 aa  250  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  25.95 
 
 		 1306 aa  246  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  24.91 
 
 		 1347 aa  246  3e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  23.81 
 
 		 1363 aa  244  7e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  24.78 
 
 		 1418 aa  244  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  41.58 
 
 		 453 aa  243  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  24.62 
 
 		 1070 aa  242  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  43.54 
 
 		 560 aa  241  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  24.58 
 
 		 1366 aa  239  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.27 
 
 		 410 aa  239  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.72 
 
 		 1342 aa  238  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.8 
 
 		 962 aa  238  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  24.89 
 
 		 1526 aa  238  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  24 
 
 		 1510 aa  238  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  43.62 
 
 		 529 aa  238  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.92 
 
 		 453 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 		 893 aa  236  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 		 579 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.59 
 
 		 453 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.26 
 
 		 453 aa  235  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  25.26 
 
 		 1024 aa  234  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  23.91 
 
 		 1384 aa  234  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.79 
 
 		 914 aa  233  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.26 
 
 		 453 aa  233  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 900 aa  232  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  24.08 
 
 		 1053 aa  231  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  24.91 
 
 		 1118 aa  231  8e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.89 
 
 		 1511 aa  230  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.21 
 
 		 1505 aa  230  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.26 
 
 		 453 aa  231  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  33.1 
 
 		 648 aa  230  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 		 453 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 		 453 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  41.67 
 
 		 508 aa  229  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  23.68 
 
 		 1005 aa  228  4e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  25.29 
 
 		 1502 aa  227  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 		 662 aa  225  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.85 
 
 		 805 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 900 aa  222  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.72 
 
 		 1498 aa  222  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.18 
 
 		 1079 aa  220  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  25.98 
 
 		 1327 aa  219  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 893 aa  219  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.93 
 
 		 506 aa  219  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.75 
 
 		 550 aa  218  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.08 
 
 		 789 aa  218  5e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 901 aa  218  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 693 aa  218  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  24.49 
 
 		 1334 aa  218  7e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  24.78 
 
 		 1388 aa  218  9e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  25.21 
 
 		 1313 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  24.35 
 
 		 1374 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 		 690 aa  216  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  23.82 
 
 		 1316 aa  215  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  41.03 
 
 		 708 aa  213  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  39.72 
 
 		 473 aa  213  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 449 aa  212  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 		 670 aa  211  6e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.36 
 
 		 692 aa  211  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 885 aa  211  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 		 762 aa  211  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 		 898 aa  210  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  40.37 
 
 		 667 aa  209  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  40.14 
 
 		 454 aa  210  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  25.82 
 
 		 1194 aa  209  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  35.93 
 
 		 663 aa  209  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.61 
 
 		 1396 aa  206  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  35.79 
 
 		 757 aa  204  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>