More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2356 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  70.71 
 
 		 893 aa  1276    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  84.94 
 
 		 900 aa  1533    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  67.67 
 
 		 893 aa  1228    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 900 aa  1807    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.39 
 
 		 898 aa  1328    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  90.01 
 
 		 901 aa  1632    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  69.19 
 
 		 885 aa  1257    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.86 
 
 		 662 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.81 
 
 		 693 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  56.19 
 
 		 667 aa  338  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  56 
 
 		 692 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  55.81 
 
 		 690 aa  333  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  55.27 
 
 		 670 aa  333  9e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  58.1 
 
 		 663 aa  332  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  54.08 
 
 		 708 aa  324  6e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  49.11 
 
 		 914 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 936 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.74 
 
 		 805 aa  259  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  45.69 
 
 		 657 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  45.08 
 
 		 757 aa  245  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.83 
 
 		 762 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  45.08 
 
 		 757 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.91 
 
 		 506 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  42.96 
 
 		 473 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 		 550 aa  231  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 		 453 aa  230  9e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  43.32 
 
 		 471 aa  229  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 		 962 aa  229  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 		 453 aa  229  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.75 
 
 		 410 aa  228  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  42.96 
 
 		 471 aa  228  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.14 
 
 		 449 aa  228  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 		 453 aa  228  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.54 
 
 		 779 aa  227  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 		 453 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 		 1237 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.81 
 
 		 833 aa  226  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  38.89 
 
 		 560 aa  223  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  40.74 
 
 		 483 aa  222  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  45.17 
 
 		 778 aa  221  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 		 781 aa  221  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.37 
 
 		 453 aa  220  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.37 
 
 		 453 aa  220  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  40.07 
 
 		 544 aa  219  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 		 1242 aa  219  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 		 466 aa  219  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  37.31 
 
 		 529 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 453 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 499 aa  218  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  35.29 
 
 		 1250 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  40.23 
 
 		 508 aa  216  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  42.47 
 
 		 453 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 		 773 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 		 1226 aa  215  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 		 789 aa  212  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  39.53 
 
 		 950 aa  211  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 632 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 		 632 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  38.01 
 
 		 632 aa  205  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 		 632 aa  204  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.09 
 
 		 853 aa  203  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  39.15 
 
 		 632 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 		 625 aa  197  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  40.38 
 
 		 454 aa  197  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.91 
 
 		 859 aa  197  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 		 579 aa  195  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.17 
 
 		 543 aa  194  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 		 729 aa  193  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  36.36 
 
 		 648 aa  190  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  34.66 
 
 		 450 aa  187  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.31 
 
 		 427 aa  185  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  36.55 
 
 		 436 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.73 
 
 		 1255 aa  184  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 560 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.8 
 
 		 454 aa  181  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 699 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 638 aa  179  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 575 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.76 
 
 		 1121 aa  174  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  34.43 
 
 		 580 aa  172  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 795 aa  170  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 683 aa  169  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.41 
 
 		 680 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  34.46 
 
 		 444 aa  165  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 		 1151 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 504 aa  164  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2731  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.84 
 
 		 1007 aa  163  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.26 
 
 		 971 aa  162  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  38.11 
 
 		 612 aa  162  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 744 aa  159  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.62 
 
 		 1428 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.26 
 
 		 764 aa  159  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 		 1080 aa  159  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.25 
 
 		 823 aa  158  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 		 1069 aa  156  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  27.92 
 
 		 1268 aa  156  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.34 
 
 		 1191 aa  153  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 		 681 aa  152  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 530 aa  150  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 		 715 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>