More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0664 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  100 
 
 		 543 aa  1116    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  43.32 
 
 		 950 aa  231  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.74 
 
 		 579 aa  228  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  42.97 
 
 		 499 aa  219  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 936 aa  216  9e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 1242 aa  212  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 		 962 aa  211  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 		 453 aa  206  8e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  37.68 
 
 		 657 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.63 
 
 		 885 aa  205  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  40.71 
 
 		 453 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 		 449 aa  205  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 		 466 aa  204  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 		 453 aa  204  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 		 453 aa  204  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  41.67 
 
 		 529 aa  203  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 		 453 aa  203  8e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 		 453 aa  203  8e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 		 453 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.25 
 
 		 454 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  39.68 
 
 		 560 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 		 453 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  41.96 
 
 		 508 aa  198  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 		 779 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 893 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 		 1237 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 		 893 aa  197  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  41.95 
 
 		 580 aa  197  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 		 1226 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 		 900 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 662 aa  193  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 		 900 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 		 901 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 805 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  35.89 
 
 		 778 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 		 550 aa  190  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  38.55 
 
 		 1250 aa  188  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  34.83 
 
 		 450 aa  187  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 690 aa  187  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 693 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  37.35 
 
 		 648 aa  186  7e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 		 410 aa  186  9e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 		 898 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 		 789 aa  184  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 670 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 		 762 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.8 
 
 		 914 aa  183  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  31.02 
 
 		 667 aa  183  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  30.06 
 
 		 663 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 		 692 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 		 729 aa  179  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 		 833 aa  177  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  31.61 
 
 		 436 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  35.86 
 
 		 632 aa  177  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  35.86 
 
 		 473 aa  176  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  34.6 
 
 		 454 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 625 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  35.83 
 
 		 757 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  35.83 
 
 		 757 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  35.06 
 
 		 471 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  29.95 
 
 		 708 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  35.06 
 
 		 471 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 560 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 		 427 aa  172  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 		 632 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  29.89 
 
 		 544 aa  170  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 632 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.46 
 
 		 680 aa  169  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  35.18 
 
 		 632 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 632 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 781 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 504 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 		 773 aa  160  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 699 aa  156  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  31.07 
 
 		 483 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  36.55 
 
 		 444 aa  156  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 575 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 683 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 		 638 aa  146  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 		 644 aa  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  35.63 
 
 		 612 aa  140  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 399 aa  137  5e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 729 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 545 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  28.95 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 		 506 aa  131  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  32.69 
 
 		 543 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 543 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 543 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 543 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 543 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  32.62 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 530 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  32.17 
 
 		 543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 546 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 		 546 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 		 543 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1259  putative sensor histidine kinase  30.27 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.5 
 
 		 534 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>