More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3335 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3335  histidine kinase  100 
 
 
464 aa  956    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 
936 aa  192  7e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
962 aa  181  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  34.17 
 
 
657 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
914 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  34.1 
 
 
950 aa  169  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
693 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
662 aa  166  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
579 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
893 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  30.28 
 
 
529 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  32.12 
 
 
667 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  34.25 
 
 
560 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  32.62 
 
 
663 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
670 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  34.03 
 
 
508 aa  159  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
781 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
410 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
690 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
773 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  28.18 
 
 
544 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 
901 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
506 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
1237 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
692 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  29.19 
 
 
473 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 
1226 aa  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
893 aa  150  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 
900 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
1242 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
499 aa  147  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
885 aa  147  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
550 aa  146  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  29.3 
 
 
708 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
453 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
632 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  28.21 
 
 
471 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
900 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
833 aa  143  7e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  28.08 
 
 
632 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  28.81 
 
 
471 aa  141  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 
632 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
762 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
449 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
632 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
729 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
453 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 
805 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
453 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 
466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
453 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  28.06 
 
 
757 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  28.06 
 
 
757 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  30.35 
 
 
778 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
453 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
898 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  32.53 
 
 
436 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  28.62 
 
 
632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
699 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  31.3 
 
 
580 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 
779 aa  133  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  25.95 
 
 
454 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  28.87 
 
 
453 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.95 
 
 
543 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.82 
 
 
454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
789 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.71 
 
 
1250 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 
427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
644 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345049  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6050  putative sensor histidine kinase  26.23 
 
 
483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
625 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
560 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  27.65 
 
 
612 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  29.02 
 
 
450 aa  118  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 
546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 
638 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.38 
 
 
504 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
683 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  29.07 
 
 
680 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
506 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 
575 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
545 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
543 aa  104  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
543 aa  104  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  27.24 
 
 
648 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1706  histidine kinase  23.34 
 
 
444 aa  103  8e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  26.78 
 
 
543 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
546 aa  101  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  27.12 
 
 
543 aa  99.8  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  26.04 
 
 
547 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 
530 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 
729 aa  90.1  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 
548 aa  89.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.49 
 
 
534 aa  87.8  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 
543 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  24.76 
 
 
1850 aa  84.7  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  25.34 
 
 
543 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>