More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3880 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  100 
 
 		 680 aa  1382    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.59 
 
 		 683 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 		 1226 aa  231  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 962 aa  230  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  43.22 
 
 		 648 aa  228  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 		 936 aa  225  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 		 690 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 		 579 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 		 670 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  41.36 
 
 		 499 aa  219  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  36.61 
 
 		 657 aa  218  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  37.83 
 
 		 560 aa  217  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 		 914 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  36.01 
 
 		 950 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 1237 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  35.15 
 
 		 544 aa  211  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.88 
 
 		 466 aa  210  7e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  35.26 
 
 		 529 aa  210  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  40.57 
 
 		 450 aa  208  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 693 aa  207  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 453 aa  207  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 453 aa  207  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.2 
 
 		 453 aa  207  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.2 
 
 		 453 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  38.98 
 
 		 454 aa  206  9e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  38.26 
 
 		 453 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 453 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 453 aa  206  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  31.97 
 
 		 663 aa  204  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 692 aa  204  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 805 aa  204  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 		 453 aa  203  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 		 900 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.24 
 
 		 449 aa  201  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  38.89 
 
 		 471 aa  200  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  39.26 
 
 		 473 aa  200  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  33.79 
 
 		 667 aa  200  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 		 1242 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  38.56 
 
 		 471 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  36.71 
 
 		 508 aa  198  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  39.35 
 
 		 893 aa  197  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 		 885 aa  197  6e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.64 
 
 		 762 aa  196  9e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 893 aa  196  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 506 aa  196  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 		 779 aa  195  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 		 632 aa  196  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.64 
 
 		 632 aa  195  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 789 aa  193  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 		 901 aa  193  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 662 aa  192  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  37.97 
 
 		 632 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  33.61 
 
 		 708 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.46 
 
 		 543 aa  191  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  36.9 
 
 		 1250 aa  191  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 		 900 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  40.55 
 
 		 550 aa  189  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 		 898 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 560 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  37.81 
 
 		 632 aa  188  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 		 729 aa  187  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 632 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  36.96 
 
 		 778 aa  187  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  36.9 
 
 		 757 aa  186  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  38.69 
 
 		 454 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 		 625 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  36.53 
 
 		 757 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1556  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.9 
 
 		 1397 aa  181  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 		 410 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 		 427 aa  177  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  38.34 
 
 		 436 aa  177  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 		 1212 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 833 aa  175  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 638 aa  175  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 		 781 aa  172  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 504 aa  171  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.29 
 
 		 699 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 699 aa  165  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 545 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 		 773 aa  163  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.53 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  41.15 
 
 		 612 aa  161  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 575 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  34.81 
 
 		 580 aa  160  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 546 aa  160  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  28.32 
 
 		 543 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 546 aa  158  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 		 506 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 543 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 543 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 543 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  29.85 
 
 		 543 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 		 543 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 530 aa  153  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  28.33 
 
 		 547 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 543 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  27.59 
 
 		 543 aa  150  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3269  sensor protein  25.82 
 
 		 619 aa  150  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 548 aa  150  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 699 aa  150  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>