More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3354 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  46.15 
 
 		 1250 aa  1096    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.05 
 
 		 1226 aa  1299    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  62.93 
 
 		 1237 aa  1660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 1242 aa  2572    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  29.01 
 
 		 1054 aa  314  6.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.11 
 
 		 936 aa  310  9e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  43.45 
 
 		 657 aa  270  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  25.85 
 
 		 1105 aa  269  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  27.78 
 
 		 1355 aa  268  7e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.84 
 
 		 1258 aa  262  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  25.74 
 
 		 1093 aa  256  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.94 
 
 		 1505 aa  256  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 		 962 aa  254  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  25.56 
 
 		 1086 aa  253  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  26.89 
 
 		 1374 aa  252  4e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  48.55 
 
 		 410 aa  250  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 		 499 aa  246  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  25.14 
 
 		 1070 aa  244  6e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  42.62 
 
 		 529 aa  244  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  25.27 
 
 		 1397 aa  243  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  27.04 
 
 		 1306 aa  240  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.87 
 
 		 670 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  23.77 
 
 		 1502 aa  239  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  45.88 
 
 		 508 aa  239  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44.36 
 
 		 579 aa  238  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  43.28 
 
 		 950 aa  238  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  41.16 
 
 		 471 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  25.03 
 
 		 1407 aa  238  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  41.16 
 
 		 471 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  25.38 
 
 		 1378 aa  238  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.07 
 
 		 1508 aa  238  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 		 833 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 690 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 		 1486 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.07 
 
 		 1508 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 779 aa  234  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.78 
 
 		 1508 aa  233  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  27.44 
 
 		 1316 aa  233  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 		 693 aa  232  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  42.59 
 
 		 667 aa  231  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  44.62 
 
 		 550 aa  231  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  25.63 
 
 		 1526 aa  231  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  42.54 
 
 		 708 aa  231  9e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  37.1 
 
 		 648 aa  230  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  40.73 
 
 		 560 aa  230  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 900 aa  230  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.4 
 
 		 805 aa  229  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  25.43 
 
 		 1418 aa  230  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  25.56 
 
 		 1404 aa  230  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  24.43 
 
 		 1515 aa  229  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 		 893 aa  229  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  24.46 
 
 		 1510 aa  227  9e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 		 692 aa  226  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 		 893 aa  225  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  40.79 
 
 		 544 aa  225  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  26.88 
 
 		 1194 aa  225  4.9999999999999996e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  39.58 
 
 		 473 aa  224  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 506 aa  224  8e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 		 885 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 901 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 762 aa  223  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.26 
 
 		 789 aa  223  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  24.06 
 
 		 1378 aa  222  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 662 aa  221  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.24 
 
 		 453 aa  221  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.12 
 
 		 1370 aa  220  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  23.8 
 
 		 1494 aa  219  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  40.89 
 
 		 453 aa  219  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 		 900 aa  219  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  39.92 
 
 		 778 aa  218  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  25.33 
 
 		 1363 aa  218  8e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 		 427 aa  217  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  24.2 
 
 		 1342 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.91 
 
 		 453 aa  217  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 898 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  39.67 
 
 		 454 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 		 453 aa  216  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 		 453 aa  216  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.28 
 
 		 1504 aa  215  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 453 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 453 aa  214  7e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  24.42 
 
 		 1388 aa  214  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 453 aa  214  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.03 
 
 		 1396 aa  213  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  24.07 
 
 		 1070 aa  213  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  25.9 
 
 		 1374 aa  212  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  24.04 
 
 		 1053 aa  212  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  25.03 
 
 		 1349 aa  212  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  42.11 
 
 		 543 aa  212  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.51 
 
 		 1505 aa  212  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  24.68 
 
 		 1327 aa  211  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.48 
 
 		 1114 aa  211  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 914 aa  211  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.94 
 
 		 729 aa  211  9e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  26.54 
 
 		 1334 aa  210  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 449 aa  210  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.18 
 
 		 466 aa  209  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.08 
 
 		 1511 aa  208  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.8 
 
 		 1508 aa  209  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  23.92 
 
 		 1005 aa  207  1e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>