More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5544 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  35.09 
 
 		 1374 aa  763    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  32.97 
 
 		 1363 aa  654    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  30.49 
 
 		 1418 aa  637    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  47.73 
 
 		 1378 aa  1283    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  34.25 
 
 		 1400 aa  715    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  46.55 
 
 		 1366 aa  1218    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  100 
 
 		 1306 aa  2699    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  32.16 
 
 		 1342 aa  663    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  31.64 
 
 		 1384 aa  665    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  31.77 
 
 		 1373 aa  643    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  33.11 
 
 		 1340 aa  712    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  35.93 
 
 		 1378 aa  781    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  32.94 
 
 		 1347 aa  675    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  36.46 
 
 		 1374 aa  821    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  33.56 
 
 		 1313 aa  682    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  35.06 
 
 		 1370 aa  729    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  33.5 
 
 		 1397 aa  761    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  32.86 
 
 		 1388 aa  699    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  31.14 
 
 		 1373 aa  644    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  35.98 
 
 		 1355 aa  780    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  30.51 
 
 		 1334 aa  621  1e-176  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  30.39 
 
 		 1404 aa  621  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  31.99 
 
 		 1335 aa  618  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.37 
 
 		 1344 aa  600  1e-170  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 1349 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  31.33 
 
 		 1526 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  30.51 
 
 		 1355 aa  592  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  30.19 
 
 		 1327 aa  561  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  29.93 
 
 		 1316 aa  546  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  30.23 
 
 		 1343 aa  549  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  29.72 
 
 		 1278 aa  544  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  33.05 
 
 		 1105 aa  543  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  31.07 
 
 		 1344 aa  533  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  30.45 
 
 		 1407 aa  532  1e-149  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  29.17 
 
 		 1324 aa  526  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.15 
 
 		 1396 aa  522  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  28.28 
 
 		 1374 aa  502  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  34.56 
 
 		 1298 aa  492  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  27.86 
 
 		 1347 aa  483  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  32.35 
 
 		 1311 aa  459  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 1258 aa  444  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  27.14 
 
 		 1414 aa  443  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  29.37 
 
 		 1070 aa  414  1e-114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  32.88 
 
 		 1366 aa  412  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  28.93 
 
 		 1070 aa  410  1.0000000000000001e-112  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  28.3 
 
 		 1086 aa  396  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  28.74 
 
 		 1093 aa  378  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  37.85 
 
 		 940 aa  364  5.0000000000000005e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  28.39 
 
 		 1118 aa  361  6e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  25.23 
 
 		 1376 aa  360  9.999999999999999e-98  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 934 aa  356  2e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 		 1498 aa  355  4e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  29.75 
 
 		 1054 aa  344  5e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  37.64 
 
 		 904 aa  343  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  28.44 
 
 		 1114 aa  340  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.22 
 
 		 1079 aa  333  1e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 		 677 aa  332  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  26.1 
 
 		 1346 aa  331  6e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  28.52 
 
 		 1024 aa  328  5e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  35.3 
 
 		 663 aa  324  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  25.73 
 
 		 1296 aa  318  3e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  24.56 
 
 		 1351 aa  310  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  25.28 
 
 		 1278 aa  303  1e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 961 aa  299  2e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 1341 aa  299  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  25.75 
 
 		 1084 aa  293  1e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  27.93 
 
 		 1194 aa  280  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.15 
 
 		 668 aa  273  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 1131 aa  269  2.9999999999999995e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  27.64 
 
 		 1053 aa  262  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 		 1559 aa  261  5.0000000000000005e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 		 1426 aa  259  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1431 aa  257  1.0000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.16 
 
 		 1711 aa  257  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 978 aa  255  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 		 1153 aa  255  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 		 1415 aa  254  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 		 1048 aa  254  7e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.99 
 
 		 1250 aa  251  9e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  32.73 
 
 		 993 aa  250  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 1010 aa  250  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 		 975 aa  249  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 1118 aa  248  4.9999999999999997e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1390 aa  248  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1390 aa  248  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1390 aa  247  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 		 1242 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 979 aa  246  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  35.22 
 
 		 1427 aa  245  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 1631 aa  243  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 		 1651 aa  243  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  36.45 
 
 		 1299 aa  243  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 		 1140 aa  243  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 		 1406 aa  242  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 		 1002 aa  242  4e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 		 1013 aa  241  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.82 
 
 		 1152 aa  241  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  37.27 
 
 		 1156 aa  240  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 		 1385 aa  239  4e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.26 
 
 		 1646 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>