More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4008 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  100 
 
 		 1374 aa  2836    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  27.91 
 
 		 1378 aa  531  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  28.55 
 
 		 1370 aa  520  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  28.76 
 
 		 1363 aa  494  9.999999999999999e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  27.83 
 
 		 1306 aa  494  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  27.55 
 
 		 1404 aa  492  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  27.73 
 
 		 1397 aa  492  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  27.53 
 
 		 1355 aa  480  1e-134  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  27.61 
 
 		 1373 aa  476  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  27.96 
 
 		 1366 aa  476  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  27.02 
 
 		 1374 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  27.25 
 
 		 1349 aa  467  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  27.05 
 
 		 1400 aa  466  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  26.76 
 
 		 1374 aa  464  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  27.08 
 
 		 1388 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  26.91 
 
 		 1313 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.64 
 
 		 1342 aa  460  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  27.08 
 
 		 1340 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  25.44 
 
 		 1384 aa  441  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  25.72 
 
 		 1418 aa  441  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  25.39 
 
 		 1327 aa  434  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  26.09 
 
 		 1347 aa  428  1e-118  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  25.9 
 
 		 1334 aa  424  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  26.07 
 
 		 1335 aa  421  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  25.47 
 
 		 1316 aa  415  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  26.08 
 
 		 1355 aa  412  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.23 
 
 		 1344 aa  405  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  27.7 
 
 		 1347 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  25.7 
 
 		 1373 aa  402  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  24.88 
 
 		 1343 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  25.03 
 
 		 1378 aa  391  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.09 
 
 		 1396 aa  362  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  23.96 
 
 		 1324 aa  359  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  27.79 
 
 		 1298 aa  343  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  28.64 
 
 		 1344 aa  342  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  29.47 
 
 		 1311 aa  332  4e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  24.88 
 
 		 1407 aa  329  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  23.82 
 
 		 1414 aa  326  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  24.14 
 
 		 1376 aa  318  5e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.89 
 
 		 1526 aa  317  8e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  26.49 
 
 		 1278 aa  314  9e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  23.1 
 
 		 1296 aa  300  1e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  30.15 
 
 		 1366 aa  294  7e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  26.23 
 
 		 1105 aa  292  3e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 934 aa  268  5e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  24.61 
 
 		 1070 aa  266  1e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  25.62 
 
 		 1118 aa  265  4e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  24.61 
 
 		 1086 aa  256  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.34 
 
 		 1114 aa  255  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 1258 aa  255  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  24.61 
 
 		 1093 aa  255  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  24.19 
 
 		 1070 aa  253  1e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 904 aa  248  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 940 aa  244  6e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  24.15 
 
 		 1346 aa  241  5e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  30.8 
 
 		 663 aa  231  6e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  28.5 
 
 		 961 aa  230  1e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  24.43 
 
 		 1024 aa  228  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.78 
 
 		 1278 aa  226  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.96 
 
 		 1498 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 		 677 aa  219  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  29.03 
 
 		 993 aa  213  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.94 
 
 		 1004 aa  213  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  22.8 
 
 		 1175 aa  210  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 1010 aa  206  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.08 
 
 		 1179 aa  205  5e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  22.87 
 
 		 1190 aa  205  5e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  24.44 
 
 		 1054 aa  203  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 		 1415 aa  202  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 1341 aa  199  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.57 
 
 		 1118 aa  198  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  23.14 
 
 		 1063 aa  197  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  25.2 
 
 		 1515 aa  195  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  21.95 
 
 		 1351 aa  195  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 1559 aa  191  7e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 		 1426 aa  189  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 		 1013 aa  187  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 		 1431 aa  187  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  29.75 
 
 		 1299 aa  187  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.31 
 
 		 1504 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  29.94 
 
 		 1427 aa  186  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.06 
 
 		 1504 aa  186  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 1048 aa  186  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.97 
 
 		 1494 aa  185  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 		 1287 aa  185  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 		 1406 aa  183  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.81 
 
 		 1152 aa  181  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.66 
 
 		 1511 aa  180  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 		 668 aa  181  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  24.32 
 
 		 1502 aa  179  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 1383 aa  178  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 1140 aa  177  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  21.21 
 
 		 1084 aa  177  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.14 
 
 		 1508 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 1153 aa  177  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 1131 aa  176  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.77 
 
 		 1079 aa  175  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  28.99 
 
 		 1202 aa  174  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  20.98 
 
 		 1181 aa  174  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.57 
 
 		 1514 aa  174  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>