More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4560 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  31.82 
 
 		 1378 aa  654    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  33.51 
 
 		 1306 aa  693    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  31.56 
 
 		 1374 aa  689    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  31.84 
 
 		 1366 aa  641    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  36.01 
 
 		 1404 aa  776    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  100 
 
 		 1313 aa  2726    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  31.96 
 
 		 1363 aa  651    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  31.29 
 
 		 1397 aa  649    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  32.21 
 
 		 1370 aa  668    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  33.33 
 
 		 1355 aa  683    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  32.01 
 
 		 1374 aa  634  1e-180  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  30.21 
 
 		 1418 aa  613  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  31.62 
 
 		 1340 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  30.79 
 
 		 1400 aa  588  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  31.02 
 
 		 1378 aa  586  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  28.61 
 
 		 1342 aa  580  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  29.37 
 
 		 1388 aa  573  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  30.22 
 
 		 1327 aa  567  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  28.49 
 
 		 1384 aa  569  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  29.27 
 
 		 1373 aa  565  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 1349 aa  560  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  27.03 
 
 		 1373 aa  551  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  28.65 
 
 		 1334 aa  548  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  30.05 
 
 		 1316 aa  541  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  30.19 
 
 		 1355 aa  539  1e-151  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  29.29 
 
 		 1335 aa  535  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  28.1 
 
 		 1347 aa  525  1e-147  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  29.16 
 
 		 1526 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  28.62 
 
 		 1343 aa  499  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  27.6 
 
 		 1324 aa  499  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  26.91 
 
 		 1374 aa  478  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  27.25 
 
 		 1298 aa  478  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  28.3 
 
 		 1278 aa  476  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  27.55 
 
 		 1311 aa  468  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  28.15 
 
 		 1344 aa  469  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  28.65 
 
 		 1347 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  26.08 
 
 		 1414 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.08 
 
 		 1396 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  29.74 
 
 		 1105 aa  414  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  28.06 
 
 		 1407 aa  402  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  30.4 
 
 		 1344 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 		 1258 aa  372  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  25.29 
 
 		 1376 aa  369  1e-100  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  32.5 
 
 		 1366 aa  354  7e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  25.56 
 
 		 1296 aa  353  1e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  27.54 
 
 		 1070 aa  346  2e-93  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  27.56 
 
 		 1093 aa  338  2.9999999999999997e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  26.34 
 
 		 1070 aa  334  6e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  27.7 
 
 		 1086 aa  323  1.9999999999999998e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 904 aa  316  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  27.81 
 
 		 1054 aa  314  9e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.55 
 
 		 1498 aa  308  5.0000000000000004e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 934 aa  300  1e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 1341 aa  296  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  23.75 
 
 		 1278 aa  283  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 940 aa  276  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  24.93 
 
 		 1118 aa  273  2e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  24.6 
 
 		 1114 aa  262  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  23.69 
 
 		 1346 aa  261  4e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.82 
 
 		 1079 aa  256  2.0000000000000002e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  26.98 
 
 		 1194 aa  256  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 677 aa  254  6e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.38 
 
 		 1024 aa  251  5e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  28.35 
 
 		 961 aa  246  9.999999999999999e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.46 
 
 		 1511 aa  244  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  32.1 
 
 		 663 aa  238  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  26.57 
 
 		 1515 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  23.06 
 
 		 1175 aa  234  7.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.08 
 
 		 1504 aa  233  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 1118 aa  232  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  23.51 
 
 		 1084 aa  228  6e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  27.39 
 
 		 1005 aa  228  6e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 		 1504 aa  227  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  27.74 
 
 		 993 aa  226  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.76 
 
 		 1181 aa  225  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 		 1486 aa  225  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  23.88 
 
 		 1063 aa  224  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  22.81 
 
 		 1351 aa  224  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1431 aa  224  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.25 
 
 		 1505 aa  219  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 		 1406 aa  219  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 		 1385 aa  218  9e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 1153 aa  216  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.41 
 
 		 1250 aa  216  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 1426 aa  215  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 1140 aa  215  4.9999999999999996e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 		 1048 aa  214  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 1361 aa  213  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  21.6 
 
 		 1191 aa  213  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  31.6 
 
 		 1299 aa  213  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 1711 aa  214  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.8 
 
 		 1427 aa  213  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.6 
 
 		 1494 aa  213  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  23.86 
 
 		 1034 aa  213  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  33.01 
 
 		 1202 aa  212  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.94 
 
 		 1559 aa  211  6e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 		 1131 aa  211  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 		 1415 aa  211  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.84 
 
 		 1631 aa  209  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 1010 aa  208  5e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>