More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3543 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  32.23 
 
 		 1407 aa  682    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1498 aa  3103    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  31.54 
 
 		 1526 aa  496  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  28.39 
 
 		 1351 aa  469  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  28.84 
 
 		 1105 aa  457  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  28.93 
 
 		 1397 aa  436  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  31.37 
 
 		 1053 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 1258 aa  412  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  28.34 
 
 		 1370 aa  411  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  27.86 
 
 		 1378 aa  400  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  28.31 
 
 		 1363 aa  402  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  28.48 
 
 		 1374 aa  398  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  26.61 
 
 		 1070 aa  386  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  29.29 
 
 		 1366 aa  386  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  27.48 
 
 		 1384 aa  384  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.89 
 
 		 1342 aa  383  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  29.94 
 
 		 1346 aa  380  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 		 921 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  26.79 
 
 		 1070 aa  382  1e-104  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  28.31 
 
 		 1093 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  26 
 
 		 1418 aa  375  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  29.07 
 
 		 1054 aa  371  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  28.62 
 
 		 1378 aa  372  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  28.39 
 
 		 1355 aa  374  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  27.37 
 
 		 1355 aa  373  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  27.3 
 
 		 1388 aa  369  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  28.24 
 
 		 1306 aa  369  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  27.9 
 
 		 1086 aa  368  1e-100  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  26.25 
 
 		 1334 aa  366  1e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.56 
 
 		 923 aa  365  4e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  27.43 
 
 		 1374 aa  354  8e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  26.9 
 
 		 1278 aa  353  1e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  26.61 
 
 		 1347 aa  350  1e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 		 977 aa  350  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.48 
 
 		 1181 aa  344  5.999999999999999e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 		 818 aa  340  9e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 		 1767 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 1767 aa  339  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  29.38 
 
 		 1194 aa  338  5.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  26.68 
 
 		 1340 aa  337  7.999999999999999e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 		 1771 aa  335  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 1786 aa  333  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  34.97 
 
 		 1765 aa  332  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 		 1784 aa  332  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 		 1782 aa  332  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  26.11 
 
 		 1400 aa  332  4e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 		 1767 aa  331  7e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  28.56 
 
 		 1175 aa  329  3e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1768 aa  329  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  34.43 
 
 		 1763 aa  328  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  26.82 
 
 		 1327 aa  327  9e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  26.71 
 
 		 1404 aa  327  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  35.13 
 
 		 1683 aa  326  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.3 
 
 		 1396 aa  326  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 		 1202 aa  324  9.999999999999999e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.13 
 
 		 833 aa  323  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  25.62 
 
 		 1316 aa  321  6e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  37.9 
 
 		 785 aa  318  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  26.12 
 
 		 1414 aa  318  7e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 		 1165 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 		 1820 aa  316  1.9999999999999998e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  26.07 
 
 		 1373 aa  316  2.9999999999999996e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  36.67 
 
 		 778 aa  316  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  26.51 
 
 		 1191 aa  314  9e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  28.18 
 
 		 1034 aa  313  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  26.25 
 
 		 1114 aa  313  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27550  putative sensor/response regulator hybrid  37.43 
 
 		 786 aa  313  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00922112 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  36.65 
 
 		 796 aa  312  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 		 1326 aa  311  4e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1782  sensor histidine kinase/response regulator  36.44 
 
 		 783 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 		 1284 aa  310  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.27 
 
 		 1340 aa  309  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  24.93 
 
 		 1373 aa  309  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  29.41 
 
 		 1024 aa  308  4.0000000000000004e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.38 
 
 		 1240 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 		 1582 aa  307  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  33.72 
 
 		 727 aa  306  1.0000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 1240 aa  306  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.1 
 
 		 1331 aa  305  4.0000000000000003e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1622 aa  305  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 1057 aa  304  7.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  36.51 
 
 		 779 aa  304  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  31.99 
 
 		 2035 aa  303  2e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  38.24 
 
 		 1177 aa  302  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  26.31 
 
 		 1313 aa  302  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 		 1398 aa  302  4e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 787 aa  301  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.24 
 
 		 705 aa  301  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 946 aa  301  9e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 1316 aa  301  9e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  37.27 
 
 		 785 aa  300  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  37.45 
 
 		 785 aa  300  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 		 993 aa  300  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  37.27 
 
 		 785 aa  299  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 1033 aa  299  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  26.89 
 
 		 1185 aa  298  4e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.48 
 
 		 782 aa  297  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.73 
 
 		 1172 aa  297  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.73 
 
 		 1442 aa  297  1e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.78 
 
 		 1245 aa  296  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>