More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0559 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  30.78 
 
 		 1374 aa  649    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  100 
 
 		 1327 aa  2737    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  44.03 
 
 		 1334 aa  1140    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  33.41 
 
 		 1342 aa  738    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  34.1 
 
 		 1355 aa  702    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  42.63 
 
 		 1316 aa  1055    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  30.75 
 
 		 1374 aa  629  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  30.78 
 
 		 1370 aa  628  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  30.78 
 
 		 1340 aa  623  1e-177  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  29.31 
 
 		 1397 aa  620  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  29.37 
 
 		 1363 aa  610  1e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  29.87 
 
 		 1388 aa  606  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  30.04 
 
 		 1335 aa  589  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  28.79 
 
 		 1400 aa  585  1.0000000000000001e-165  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  29.91 
 
 		 1378 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  28.93 
 
 		 1384 aa  572  1e-161  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  30.17 
 
 		 1306 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  27.76 
 
 		 1373 aa  554  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  28.84 
 
 		 1344 aa  556  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  28.94 
 
 		 1355 aa  544  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  29.4 
 
 		 1418 aa  545  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  28.89 
 
 		 1378 aa  541  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  27.86 
 
 		 1347 aa  524  1e-147  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  29.24 
 
 		 1313 aa  524  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  28.87 
 
 		 1404 aa  520  1e-146  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  28.6 
 
 		 1373 aa  520  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 1349 aa  509  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  28.34 
 
 		 1366 aa  505  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  27.62 
 
 		 1343 aa  494  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  27.41 
 
 		 1278 aa  460  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  27.3 
 
 		 1324 aa  459  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  25.39 
 
 		 1374 aa  445  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  26.32 
 
 		 1526 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  27.45 
 
 		 1298 aa  440  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  27.32 
 
 		 1376 aa  437  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  25.6 
 
 		 1347 aa  438  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.52 
 
 		 1396 aa  433  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  27.99 
 
 		 1407 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  25.7 
 
 		 1311 aa  432  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  26.82 
 
 		 1105 aa  401  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  30.83 
 
 		 1344 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  24.39 
 
 		 1414 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  27.16 
 
 		 1093 aa  380  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  27.01 
 
 		 1070 aa  379  1e-103  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  27.35 
 
 		 1086 aa  372  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  24.87 
 
 		 1296 aa  371  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  26.71 
 
 		 1070 aa  373  1e-101  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  27.09 
 
 		 1118 aa  360  9e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  32.02 
 
 		 1366 aa  344  8e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  25.3 
 
 		 1346 aa  340  9.999999999999999e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  27.12 
 
 		 1054 aa  340  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 		 1258 aa  329  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.09 
 
 		 1498 aa  320  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  24.72 
 
 		 1278 aa  311  8e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.14 
 
 		 1024 aa  303  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 904 aa  298  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  24.22 
 
 		 1114 aa  286  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 934 aa  284  7.000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  25.12 
 
 		 1175 aa  278  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  27.08 
 
 		 1053 aa  267  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.1 
 
 		 1181 aa  262  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  23.49 
 
 		 1191 aa  260  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  25.36 
 
 		 1190 aa  258  5e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  25.39 
 
 		 1179 aa  258  6e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  25.56 
 
 		 1194 aa  253  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  24.86 
 
 		 1063 aa  254  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.57 
 
 		 677 aa  252  3e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 940 aa  250  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  23.14 
 
 		 1084 aa  249  3e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  23.77 
 
 		 1351 aa  245  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  31.58 
 
 		 663 aa  238  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  44.67 
 
 		 262 aa  233  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.82 
 
 		 1250 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 1341 aa  228  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 		 668 aa  228  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.33 
 
 		 1079 aa  227  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 		 1242 aa  226  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 1048 aa  225  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.38 
 
 		 1185 aa  224  6e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.97 
 
 		 1505 aa  224  7e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  23.78 
 
 		 921 aa  221  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 		 1711 aa  218  5.9999999999999996e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  23.7 
 
 		 1017 aa  217  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  29.57 
 
 		 993 aa  213  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  24.06 
 
 		 1515 aa  214  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 1559 aa  213  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 		 1226 aa  212  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  22.92 
 
 		 1005 aa  212  5e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.36 
 
 		 1486 aa  209  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.31 
 
 		 1508 aa  209  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.23 
 
 		 1511 aa  209  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  28.21 
 
 		 961 aa  207  7e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  23.13 
 
 		 1034 aa  207  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.06 
 
 		 1508 aa  206  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  23.8 
 
 		 1004 aa  205  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 1118 aa  204  7e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.65 
 
 		 1415 aa  204  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 1140 aa  203  9.999999999999999e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  22.75 
 
 		 1037 aa  202  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.91 
 
 		 1508 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>