More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0667 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  33.44 
 
 		 1407 aa  703    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 1526 aa  3149    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  30.59 
 
 		 1355 aa  600  1e-170  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  31.66 
 
 		 1397 aa  598  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  30.14 
 
 		 1374 aa  591  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  30.31 
 
 		 1363 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  31.28 
 
 		 1306 aa  581  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  30.11 
 
 		 1378 aa  571  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  33.39 
 
 		 1105 aa  567  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  30.9 
 
 		 1384 aa  559  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 1258 aa  551  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  29.31 
 
 		 1342 aa  541  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  30.84 
 
 		 1347 aa  538  1e-151  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  31.44 
 
 		 1366 aa  530  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  30.02 
 
 		 1378 aa  524  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  29.88 
 
 		 1374 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  28.94 
 
 		 1334 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  28.98 
 
 		 1373 aa  514  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  28.89 
 
 		 1388 aa  509  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  29.25 
 
 		 1370 aa  506  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  30.1 
 
 		 1404 aa  500  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.94 
 
 		 1498 aa  499  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  28.97 
 
 		 1400 aa  483  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  28.94 
 
 		 1355 aa  482  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  29.38 
 
 		 1070 aa  480  1e-134  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  29.05 
 
 		 1313 aa  478  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  28.86 
 
 		 1070 aa  475  1e-132  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  28.29 
 
 		 1340 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  26.24 
 
 		 1418 aa  453  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  28.38 
 
 		 1278 aa  446  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  27.24 
 
 		 1414 aa  439  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  26.92 
 
 		 1373 aa  432  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.72 
 
 		 1396 aa  428  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  26 
 
 		 1327 aa  424  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 1054 aa  420  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  26.48 
 
 		 1316 aa  420  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  27.36 
 
 		 1118 aa  414  1e-114  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 1349 aa  412  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0662  adenylate/guanylate cyclase  48.95 
 
 		 1130 aa  406  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  27.07 
 
 		 1324 aa  399  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  31.88 
 
 		 1343 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  25.84 
 
 		 1335 aa  398  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2729  adenylate/guanylate cyclase  43.14 
 
 		 1119 aa  395  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0163544 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  48.56 
 
 		 1207 aa  394  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  25.65 
 
 		 1351 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  26.07 
 
 		 1093 aa  387  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  26.01 
 
 		 1298 aa  387  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  29.34 
 
 		 1311 aa  385  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.53 
 
 		 1079 aa  380  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  26.4 
 
 		 1086 aa  379  1e-103  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0661  adenylate/guanylate cyclase  44.67 
 
 		 1133 aa  379  1e-103  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  26.76 
 
 		 1346 aa  372  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  30.53 
 
 		 1053 aa  357  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.08 
 
 		 1344 aa  355  5e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  30.2 
 
 		 1194 aa  352  2e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  42.15 
 
 		 1127 aa  345  4e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  27.02 
 
 		 1114 aa  345  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  26.15 
 
 		 1278 aa  345  5e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  31.22 
 
 		 1344 aa  344  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  26 
 
 		 1347 aa  334  6e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.36 
 
 		 1024 aa  327  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  41.82 
 
 		 1177 aa  326  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  40.34 
 
 		 1111 aa  324  9.000000000000001e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  23.89 
 
 		 1374 aa  317  9e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  40.78 
 
 		 1128 aa  312  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0411  signal transduction histidine kinase, LytS  37.63 
 
 		 1018 aa  302  4e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000411039  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  24.64 
 
 		 1376 aa  296  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  23.76 
 
 		 1084 aa  290  1e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  24.57 
 
 		 1175 aa  290  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  23.76 
 
 		 1190 aa  288  5e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  27.42 
 
 		 1034 aa  286  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  24.36 
 
 		 1185 aa  286  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.88 
 
 		 1181 aa  284  7.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1567  signal transduction histidine kinase, LytS  38.5 
 
 		 1016 aa  284  8.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0336431  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.82 
 
 		 1179 aa  284  1e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2746  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 		 1096 aa  257  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  24.05 
 
 		 1191 aa  256  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 		 687 aa  254  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  24.91 
 
 		 1017 aa  253  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  22.27 
 
 		 1296 aa  247  9.999999999999999e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.09 
 
 		 1505 aa  247  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.5 
 
 		 1063 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  26.18 
 
 		 1005 aa  243  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  24.06 
 
 		 1515 aa  239  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  29.23 
 
 		 1366 aa  239  4e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 922 aa  237  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0493  signal transduction histidine kinase, LytS  34.54 
 
 		 1022 aa  236  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000359244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.11 
 
 		 1250 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  25.2 
 
 		 921 aa  236  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.36 
 
 		 1504 aa  231  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1479 aa  231  9e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 		 1242 aa  231  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1977 aa  229  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.89 
 
 		 1504 aa  230  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.09 
 
 		 1486 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  31.71 
 
 		 1074 aa  227  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3009  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 		 920 aa  225  4e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.59521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 		 973 aa  226  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  23.49 
 
 		 1093 aa  224  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.28 
 
 		 1494 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>