More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4159 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  100 
 
 		 1017 aa  2115    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  26.77 
 
 		 1024 aa  310  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  28.39 
 
 		 1407 aa  305  4.0000000000000003e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  26.07 
 
 		 1105 aa  303  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  27.84 
 
 		 1397 aa  291  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 1258 aa  288  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  25.32 
 
 		 954 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  24.28 
 
 		 1063 aa  273  8.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  26.27 
 
 		 1070 aa  270  1e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  23.46 
 
 		 1347 aa  259  2e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  25.5 
 
 		 1418 aa  254  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  24.91 
 
 		 1526 aa  253  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  24 
 
 		 1070 aa  253  1e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  24.8 
 
 		 1086 aa  251  5e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  24.16 
 
 		 1355 aa  250  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  24.33 
 
 		 1093 aa  247  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  25.07 
 
 		 1378 aa  244  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  24.43 
 
 		 1334 aa  239  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  26.12 
 
 		 1118 aa  236  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  24.8 
 
 		 1342 aa  233  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.03 
 
 		 1370 aa  226  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  25.05 
 
 		 1037 aa  223  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25.75 
 
 		 1114 aa  222  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  26.59 
 
 		 1363 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  25.7 
 
 		 1306 aa  221  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  24.03 
 
 		 1335 aa  221  7e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  23.95 
 
 		 1374 aa  220  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  24.73 
 
 		 1388 aa  217  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  23.74 
 
 		 1378 aa  215  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  29.26 
 
 		 1036 aa  215  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  25.21 
 
 		 1054 aa  214  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  23.8 
 
 		 975 aa  208  5e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  25.76 
 
 		 1324 aa  203  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  26.75 
 
 		 1278 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  23.16 
 
 		 1373 aa  201  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  24.01 
 
 		 1250 aa  201  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  24.17 
 
 		 1374 aa  201  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  23.25 
 
 		 1278 aa  200  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.81 
 
 		 1327 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 1276 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  26.04 
 
 		 1316 aa  198  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  23.06 
 
 		 1400 aa  193  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  24.17 
 
 		 1053 aa  192  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  24.46 
 
 		 1343 aa  190  9e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.97 
 
 		 1355 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  23.73 
 
 		 1340 aa  189  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  23.04 
 
 		 1021 aa  188  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  24.64 
 
 		 1502 aa  184  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  23.65 
 
 		 1034 aa  180  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  24.19 
 
 		 1396 aa  178  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.02 
 
 		 1030 aa  177  7e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22 
 
 		 1226 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.58 
 
 		 1079 aa  176  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  21.77 
 
 		 1093 aa  174  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  22.86 
 
 		 1004 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.8 
 
 		 1404 aa  170  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.71 
 
 		 1373 aa  169  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  23.77 
 
 		 1194 aa  167  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  23.02 
 
 		 1414 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  22.42 
 
 		 1344 aa  165  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.9 
 
 		 1242 aa  163  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.77 
 
 		 1508 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.49 
 
 		 1237 aa  162  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  23.99 
 
 		 1384 aa  161  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  22.81 
 
 		 1018 aa  161  7e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.12 
 
 		 1486 aa  160  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.67 
 
 		 1508 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.87 
 
 		 1508 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  22.4 
 
 		 1046 aa  160  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  22.92 
 
 		 1374 aa  160  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.67 
 
 		 1508 aa  159  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.54 
 
 		 1504 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  22.58 
 
 		 1494 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  23.89 
 
 		 1515 aa  157  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  25.28 
 
 		 987 aa  156  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.3 
 
 		 1504 aa  155  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  22.56 
 
 		 1351 aa  155  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.73 
 
 		 1511 aa  153  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  21.72 
 
 		 1017 aa  151  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3911  signal transduction histidine kinase  21.67 
 
 		 1093 aa  149  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25512  normal  0.0971599 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.57 
 
 		 1505 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  21.85 
 
 		 1051 aa  146  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  22.4 
 
 		 1376 aa  146  2e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  20.26 
 
 		 967 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  22.41 
 
 		 1192 aa  142  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  23.09 
 
 		 1347 aa  139  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0721  putative signal transduction histidine kinase  21.29 
 
 		 989 aa  137  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0872972  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  23.06 
 
 		 1366 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  21.51 
 
 		 1175 aa  135  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  25.54 
 
 		 1013 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  21.6 
 
 		 1005 aa  135  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  22.98 
 
 		 1075 aa  135  5e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  23.77 
 
 		 1313 aa  134  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.97 
 
 		 1453 aa  134  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.15 
 
 		 1498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  21.07 
 
 		 1084 aa  129  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  22.33 
 
 		 1349 aa  127  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  22.55 
 
 		 965 aa  125  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  20.33 
 
 		 1346 aa  124  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  21.72 
 
 		 1298 aa  117  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>