More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4291 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  100 
 
 		 954 aa  1979    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  25.32 
 
 		 1017 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  25.24 
 
 		 1024 aa  216  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.89 
 
 		 1258 aa  201  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  30.72 
 
 		 1037 aa  198  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  26.46 
 
 		 1370 aa  194  9e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  27.25 
 
 		 1036 aa  191  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.57 
 
 		 1063 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  23.84 
 
 		 1363 aa  189  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  24.69 
 
 		 1400 aa  182  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  22.23 
 
 		 975 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  21.94 
 
 		 1355 aa  169  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  21.99 
 
 		 1407 aa  168  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.63 
 
 		 1342 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.52 
 
 		 1313 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  23.3 
 
 		 1105 aa  159  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  22.18 
 
 		 1526 aa  156  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.38 
 
 		 1114 aa  152  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  21 
 
 		 1347 aa  149  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.22 
 
 		 1316 aa  148  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  22.25 
 
 		 1054 aa  145  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  22.22 
 
 		 1327 aa  144  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  24.3 
 
 		 1278 aa  143  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  22.26 
 
 		 1194 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  24.02 
 
 		 967 aa  141  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  22.91 
 
 		 1004 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0721  putative signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 		 989 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0872972  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.72 
 
 		 1378 aa  138  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  22.28 
 
 		 1046 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  21.98 
 
 		 1070 aa  137  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.64 
 
 		 1498 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  21.99 
 
 		 1070 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.5 
 
 		 1373 aa  135  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  20.49 
 
 		 1093 aa  135  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  23.87 
 
 		 1355 aa  133  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  22.96 
 
 		 1344 aa  133  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.03 
 
 		 1374 aa  132  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2339  histidine kinase  27.74 
 
 		 1009 aa  129  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  21.99 
 
 		 1311 aa  128  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  22.48 
 
 		 1118 aa  128  6e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  20.55 
 
 		 1334 aa  127  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  24.76 
 
 		 1005 aa  127  8.000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  21.7 
 
 		 1018 aa  125  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  21.94 
 
 		 1397 aa  125  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.07 
 
 		 1093 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  21.39 
 
 		 1404 aa  122  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.29 
 
 		 1079 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  22.6 
 
 		 1335 aa  121  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  24.61 
 
 		 1013 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.68 
 
 		 1086 aa  120  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.94 
 
 		 1374 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  21.61 
 
 		 1324 aa  118  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  22.62 
 
 		 1340 aa  118  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  21.03 
 
 		 1374 aa  117  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.95 
 
 		 1030 aa  115  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  23.9 
 
 		 1344 aa  115  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  21.55 
 
 		 1250 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  21.66 
 
 		 1418 aa  114  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  22.29 
 
 		 1494 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  19.64 
 
 		 1192 aa  110  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.87 
 
 		 1453 aa  110  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  21.21 
 
 		 1378 aa  110  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  23.51 
 
 		 1278 aa  107  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  21.88 
 
 		 1346 aa  107  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  22.45 
 
 		 1306 aa  107  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  19.61 
 
 		 1182 aa  106  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  19.35 
 
 		 1185 aa  105  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  21.33 
 
 		 1053 aa  105  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  21.72 
 
 		 1515 aa  105  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.16 
 
 		 1211 aa  105  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  21.18 
 
 		 1349 aa  105  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  21.04 
 
 		 1017 aa  104  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.92 
 
 		 1237 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.14 
 
 		 1242 aa  103  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.59 
 
 		 1505 aa  103  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.91 
 
 		 1505 aa  103  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  21.52 
 
 		 987 aa  102  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.05 
 
 		 1486 aa  102  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.12 
 
 		 1276 aa  102  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  25.8 
 
 		 1366 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  21.19 
 
 		 965 aa  100  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  22 
 
 		 1376 aa  100  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.01 
 
 		 1414 aa  99.4  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  20.48 
 
 		 1384 aa  98.2  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  24.56 
 
 		 1298 aa  97.4  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  20.93 
 
 		 1181 aa  96.7  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  20.46 
 
 		 1021 aa  97.1  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  23.2 
 
 		 1343 aa  96.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  20.51 
 
 		 949 aa  97.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  19.73 
 
 		 1034 aa  95.5  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  22.72 
 
 		 1396 aa  95.5  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  20.17 
 
 		 946 aa  95.1  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.99 
 
 		 1511 aa  94.7  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.98 
 
 		 1508 aa  93.6  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.16 
 
 		 1226 aa  93.6  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  21.83 
 
 		 1351 aa  92.8  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  21.32 
 
 		 1008 aa  92.8  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.81 
 
 		 1508 aa  92.4  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.52 
 
 		 1504 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.68 
 
 		 1508 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>