More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0725 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  100 
 
 		 1036 aa  2159    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  23.58 
 
 		 1024 aa  215  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  29.26 
 
 		 1017 aa  214  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  28.27 
 
 		 1037 aa  196  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  22.73 
 
 		 1355 aa  192  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  27.25 
 
 		 954 aa  191  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  27.04 
 
 		 1063 aa  177  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  27.15 
 
 		 967 aa  173  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.77 
 
 		 1258 aa  168  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0721  putative signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 989 aa  167  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0872972  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  25.4 
 
 		 975 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.76 
 
 		 1498 aa  161  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  21.79 
 
 		 1054 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.03 
 
 		 1093 aa  159  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  21.56 
 
 		 1327 aa  157  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.73 
 
 		 1404 aa  156  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  23.98 
 
 		 1374 aa  155  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.97 
 
 		 1363 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  23.56 
 
 		 1118 aa  149  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.57 
 
 		 1374 aa  147  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  31.05 
 
 		 1494 aa  145  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 		 1349 aa  144  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  20.48 
 
 		 1370 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  20.48 
 
 		 1526 aa  142  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.76 
 
 		 1504 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  22.32 
 
 		 1378 aa  141  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  21.87 
 
 		 1324 aa  140  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.61 
 
 		 1504 aa  140  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  22.49 
 
 		 1388 aa  139  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.89 
 
 		 1511 aa  138  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  33.78 
 
 		 1515 aa  138  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.31 
 
 		 1505 aa  138  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  28.36 
 
 		 1005 aa  137  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  22.81 
 
 		 1366 aa  137  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  25.14 
 
 		 1298 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  27.79 
 
 		 1340 aa  135  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.17 
 
 		 1114 aa  134  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  24.28 
 
 		 1086 aa  132  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  24.13 
 
 		 1344 aa  131  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.98 
 
 		 1486 aa  128  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.42 
 
 		 1226 aa  128  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  20.29 
 
 		 1070 aa  127  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  30.89 
 
 		 1313 aa  125  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  19.37 
 
 		 1070 aa  126  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  20.05 
 
 		 1407 aa  125  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  21.48 
 
 		 1306 aa  124  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.06 
 
 		 1508 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  19.83 
 
 		 1084 aa  122  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.43 
 
 		 1508 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.67 
 
 		 1508 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  23.97 
 
 		 1175 aa  120  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.67 
 
 		 1508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  23.98 
 
 		 1105 aa  119  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  28.25 
 
 		 1316 aa  119  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  20.62 
 
 		 1347 aa  118  5e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  22.38 
 
 		 1373 aa  118  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  28.79 
 
 		 1278 aa  117  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  23.87 
 
 		 1373 aa  117  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  22.07 
 
 		 1004 aa  115  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.07 
 
 		 1378 aa  115  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  22.72 
 
 		 1343 aa  114  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  27.73 
 
 		 1397 aa  114  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  25.68 
 
 		 1384 aa  114  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  22.71 
 
 		 1021 aa  112  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  21.77 
 
 		 1396 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.94 
 
 		 1237 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  22.92 
 
 		 1194 aa  112  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  22.56 
 
 		 1250 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  22.74 
 
 		 1355 aa  110  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3911  signal transduction histidine kinase  21.72 
 
 		 1093 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25512  normal  0.0971599 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  33.79 
 
 		 1502 aa  109  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.12 
 
 		 1335 aa  109  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  20.85 
 
 		 1344 aa  109  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  23.91 
 
 		 1311 aa  107  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.72 
 
 		 1211 aa  107  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 		 1242 aa  105  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  19.7 
 
 		 1342 aa  105  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  27.12 
 
 		 1334 aa  105  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.84 
 
 		 1079 aa  105  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  25.19 
 
 		 1347 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  21.35 
 
 		 1346 aa  102  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  22.36 
 
 		 1093 aa  102  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  27.25 
 
 		 1374 aa  101  8e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.13 
 
 		 1030 aa  101  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  20.48 
 
 		 1278 aa  99.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  26.19 
 
 		 1418 aa  99  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  22.07 
 
 		 1008 aa  97.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 		 1524 aa  97.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  23.76 
 
 		 1018 aa  97.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.42 
 
 		 1181 aa  95.1  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  21.79 
 
 		 921 aa  93.2  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  22.59 
 
 		 1034 aa  92.8  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  28.84 
 
 		 1015 aa  92.8  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  27.62 
 
 		 1400 aa  92.8  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 661 aa  91.3  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.08 
 
 		 1414 aa  90.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  23.08 
 
 		 1017 aa  88.6  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4738  histidine kinase  26.23 
 
 		 264 aa  87.8  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.977544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  20.08 
 
 		 1053 aa  87.4  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  21.58 
 
 		 1185 aa  86.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>