More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2353 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 1021 aa  2118    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25.74 
 
 		 1114 aa  251  6e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  24.52 
 
 		 1397 aa  245  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  25.23 
 
 		 1407 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 		 1258 aa  243  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  24.27 
 
 		 1024 aa  233  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  23.93 
 
 		 1054 aa  227  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.77 
 
 		 1105 aa  219  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  26.28 
 
 		 1374 aa  214  5.999999999999999e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  24.79 
 
 		 1347 aa  209  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  25.26 
 
 		 1118 aa  208  3e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.08 
 
 		 1070 aa  205  3e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.68 
 
 		 1070 aa  205  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.26 
 
 		 1370 aa  204  8e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  23.05 
 
 		 1051 aa  201  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  23.69 
 
 		 1342 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  23.16 
 
 		 1404 aa  197  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  21.64 
 
 		 1034 aa  196  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  24.13 
 
 		 1194 aa  192  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1837  signal transduction histidine kinase, LytS  52.6 
 
 		 342 aa  192  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.230047  normal  0.631331 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  23.99 
 
 		 1363 aa  192  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  23.04 
 
 		 1017 aa  188  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.63 
 
 		 1063 aa  180  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  25.72 
 
 		 1086 aa  179  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  22.89 
 
 		 1355 aa  177  8e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  23.03 
 
 		 1374 aa  174  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.62 
 
 		 1278 aa  172  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  25.28 
 
 		 1093 aa  171  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  23.13 
 
 		 1334 aa  171  5e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  23.09 
 
 		 1366 aa  171  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  22.3 
 
 		 1335 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  23.63 
 
 		 987 aa  165  4.0000000000000004e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  23.12 
 
 		 1418 aa  164  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  23.51 
 
 		 1306 aa  163  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  22.21 
 
 		 1378 aa  162  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  23.5 
 
 		 1324 aa  161  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11998  hypothetical protein  37.12 
 
 		 454 aa  160  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.899904  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  22.34 
 
 		 1373 aa  160  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  20.59 
 
 		 1526 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  23.19 
 
 		 1374 aa  159  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  24.49 
 
 		 1340 aa  159  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.93 
 
 		 1396 aa  158  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.81 
 
 		 1355 aa  158  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2867  signal transduction histidine kinase, LytS  39.64 
 
 		 399 aa  157  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.16 
 
 		 1378 aa  157  9e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  22.3 
 
 		 1015 aa  156  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  21.81 
 
 		 1313 aa  155  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  23.72 
 
 		 1384 aa  155  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  23.41 
 
 		 1004 aa  154  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  23.26 
 
 		 1351 aa  153  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4868  signal transduction histidine kinase, LytS  43.01 
 
 		 340 aa  154  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4913  signal transduction histidine kinase, LytS  38.6 
 
 		 445 aa  154  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759043  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.6 
 
 		 1414 aa  150  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  24.18 
 
 		 1316 aa  150  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  23.34 
 
 		 1388 aa  148  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4669  signal transduction histidine kinase, LytS  36.44 
 
 		 523 aa  148  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.959572  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.56 
 
 		 1276 aa  148  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0757  signal transduction histidine kinase, LytS  39.21 
 
 		 339 aa  147  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.836755  normal  0.978772 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.08 
 
 		 1373 aa  146  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  21.09 
 
 		 1053 aa  145  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  22.73 
 
 		 1278 aa  145  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  21.32 
 
 		 1037 aa  145  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4002  signal transduction histidine kinase, LytS  40.5 
 
 		 338 aa  145  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  21.36 
 
 		 1400 aa  144  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  20.31 
 
 		 1498 aa  142  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.34 
 
 		 1226 aa  142  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0272  signal transduction histidine kinase, LytS  39.18 
 
 		 352 aa  142  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6059  signal transduction histidine kinase, LytS  36.97 
 
 		 343 aa  140  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  22.14 
 
 		 1311 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2776  signal transduction histidine kinase, LytS  38.86 
 
 		 343 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0836  signal transduction histidine kinase, LytS  35.68 
 
 		 380 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.52 
 
 		 1327 aa  140  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  22.32 
 
 		 1349 aa  140  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.05 
 
 		 1504 aa  137  9e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5311  signal transduction histidine kinase, LytS  39.9 
 
 		 342 aa  137  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.169527 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.81 
 
 		 1079 aa  135  3e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2090  signal transduction histidine kinase, LytS  39.9 
 
 		 362 aa  135  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0316441  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0601  signal transduction histidine kinase, LytS  43.02 
 
 		 359 aa  135  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1445  signal transduction histidine kinase, LytS  35.68 
 
 		 366 aa  135  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.355242 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6103  signal transduction histidine kinase, LytS  39.49 
 
 		 362 aa  135  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1474  signal transduction histidine kinase, LytS  38.07 
 
 		 339 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0623535 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  22.65 
 
 		 1190 aa  133  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5404  signal transduction histidine kinase, LytS  35.02 
 
 		 362 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  20.11 
 
 		 1084 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2790  histidine kinase internal region  29.9 
 
 		 312 aa  132  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  21.04 
 
 		 1502 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1315  signal transduction histidine kinase, LytS  37.04 
 
 		 333 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2440  histidine kinase internal region  34.63 
 
 		 375 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.49 
 
 		 1242 aa  129  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  22.46 
 
 		 1179 aa  129  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5336  signal transduction histidine kinase, LytS  38.86 
 
 		 347 aa  128  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.339163 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7150  signal transduction histidine kinase, LytS  38.5 
 
 		 345 aa  126  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3230  signal transduction histidine kinase, LytS  34.85 
 
 		 364 aa  127  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1788  signal transduction histidine kinase, LytS  41.27 
 
 		 448 aa  126  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992442  normal  0.938374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  20.17 
 
 		 1508 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  20.24 
 
 		 1508 aa  124  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  21.13 
 
 		 1344 aa  124  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.17 
 
 		 1508 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  20.17 
 
 		 1508 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  21.3 
 
 		 1494 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>