More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1400 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 1051 aa  2184    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  28.45 
 
 		 1015 aa  295  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 		 1258 aa  244  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  25.4 
 
 		 1407 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.06 
 
 		 1105 aa  229  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5951  signal transduction histidine kinase, LytS  25.12 
 
 		 975 aa  226  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.580279  normal  0.0504112 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  23.75 
 
 		 1363 aa  205  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  23.05 
 
 		 1021 aa  201  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.86 
 
 		 1526 aa  198  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.44 
 
 		 1397 aa  198  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.63 
 
 		 1070 aa  194  9e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  47.66 
 
 		 1182 aa  192  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.84 
 
 		 1070 aa  192  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  24.26 
 
 		 1054 aa  189  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  23.35 
 
 		 1370 aa  187  8e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  43.44 
 
 		 650 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.7 
 
 		 1374 aa  186  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  44.34 
 
 		 1192 aa  182  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  23.33 
 
 		 1347 aa  182  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  24.3 
 
 		 1093 aa  181  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  23.12 
 
 		 1355 aa  180  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  22.71 
 
 		 1024 aa  179  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  22.44 
 
 		 1378 aa  178  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  22.95 
 
 		 1086 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  35.36 
 
 		 631 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  25.72 
 
 		 1278 aa  170  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.45 
 
 		 1114 aa  168  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1007  signal transduction histidine kinase, LytS  39.91 
 
 		 684 aa  167  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  22.96 
 
 		 1306 aa  167  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.26 
 
 		 1378 aa  164  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.78 
 
 		 1079 aa  160  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  23 
 
 		 1366 aa  160  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.17 
 
 		 1404 aa  160  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01910  Autolysin sensor kinase  39.63 
 
 		 729 aa  160  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.665726  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.96 
 
 		 1335 aa  158  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  23.43 
 
 		 1250 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6581  signal transduction histidine kinase, LytS  33.86 
 
 		 541 aa  156  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.34 
 
 		 1063 aa  154  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  22.48 
 
 		 1384 aa  153  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 1349 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  22.87 
 
 		 1334 aa  152  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.02 
 
 		 1374 aa  149  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0672  signal transduction histidine kinase, LytS  35.99 
 
 		 289 aa  148  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  22.6 
 
 		 1355 aa  148  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  23.13 
 
 		 1340 aa  148  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  23.92 
 
 		 1342 aa  146  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.04 
 
 		 1316 aa  145  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.44 
 
 		 1373 aa  145  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  23.64 
 
 		 1005 aa  142  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.32 
 
 		 1327 aa  141  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  20.19 
 
 		 1017 aa  140  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  21.98 
 
 		 1388 aa  139  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  21.29 
 
 		 1418 aa  138  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  22.26 
 
 		 1396 aa  138  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.41 
 
 		 1414 aa  138  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  22.45 
 
 		 1194 aa  137  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.2 
 
 		 1053 aa  136  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.8 
 
 		 1226 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.97 
 
 		 1373 aa  136  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.72 
 
 		 1242 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  22.84 
 
 		 1313 aa  134  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  21.53 
 
 		 1034 aa  132  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3977  signal transduction histidine kinase, LytS  38.38 
 
 		 675 aa  131  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.932944  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.37 
 
 		 1237 aa  131  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  21.45 
 
 		 1298 aa  129  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  22.05 
 
 		 1324 aa  129  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  33.05 
 
 		 357 aa  125  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  23.26 
 
 		 1004 aa  125  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  23.05 
 
 		 1037 aa  124  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  21.46 
 
 		 1118 aa  124  8e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1584  histidine kinase internal region  33.2 
 
 		 304 aa  124  9e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0238683 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  22.24 
 
 		 1344 aa  122  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  20.62 
 
 		 1400 aa  122  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  21.81 
 
 		 987 aa  120  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  32.74 
 
 		 358 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  20.71 
 
 		 1351 aa  119  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  22.61 
 
 		 967 aa  119  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  31.42 
 
 		 671 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 		 388 aa  117  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  20.35 
 
 		 1084 aa  115  5e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  20.83 
 
 		 1278 aa  114  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2657  signal transduction histidine kinase, LytS  31.72 
 
 		 478 aa  112  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  21.55 
 
 		 1185 aa  112  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  32.86 
 
 		 389 aa  112  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  32.35 
 
 		 342 aa  111  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0495  histidine kinase internal region  32.08 
 
 		 604 aa  110  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  34 
 
 		 366 aa  110  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  20.65 
 
 		 1374 aa  110  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  22.13 
 
 		 1013 aa  108  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  38.82 
 
 		 603 aa  108  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  22.48 
 
 		 1346 aa  108  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  30.46 
 
 		 393 aa  108  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  29.52 
 
 		 645 aa  108  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2453  histidine kinase  32.04 
 
 		 612 aa  107  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000429093  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  30.38 
 
 		 360 aa  107  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  24.05 
 
 		 1343 aa  107  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  30.85 
 
 		 390 aa  107  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  32.56 
 
 		 576 aa  106  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  22.52 
 
 		 1018 aa  107  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  28.53 
 
 		 403 aa  105  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>