More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1503 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0149  signal transduction histidine kinase, LytS  49.87 
 
 		 1192 aa  1199    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.413609 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 		 1182 aa  2464    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  47.66 
 
 		 1051 aa  206  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.52 
 
 		 1105 aa  191  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.06 
 
 		 1258 aa  188  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  41.67 
 
 		 1015 aa  182  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.42 
 
 		 1114 aa  181  8e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  23.2 
 
 		 1407 aa  176  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  22.94 
 
 		 1378 aa  174  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  22.98 
 
 		 1418 aa  169  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  21.62 
 
 		 1054 aa  167  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  22.34 
 
 		 1526 aa  166  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  22.14 
 
 		 1370 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  22.1 
 
 		 1342 aa  164  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  21.97 
 
 		 1374 aa  164  7e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.72 
 
 		 1278 aa  162  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  40.18 
 
 		 650 aa  162  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  22.94 
 
 		 1024 aa  160  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1850  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  51.63 
 
 		 790 aa  160  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.136475  hitchhiker  0.00884897 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  23.67 
 
 		 1313 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  35.56 
 
 		 631 aa  154  8.999999999999999e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  20.98 
 
 		 1388 aa  154  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5951  signal transduction histidine kinase, LytS  36.16 
 
 		 975 aa  152  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.580279  normal  0.0504112 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.82 
 
 		 1498 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.41 
 
 		 1396 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  22.67 
 
 		 1366 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21 
 
 		 1093 aa  150  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  21.86 
 
 		 1397 aa  148  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  21.43 
 
 		 1384 aa  148  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1007  signal transduction histidine kinase, LytS  36.55 
 
 		 684 aa  147  8.000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  26.39 
 
 		 1311 aa  148  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 		 1276 aa  144  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.48 
 
 		 1374 aa  144  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  24.45 
 
 		 1194 aa  143  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  20.54 
 
 		 1086 aa  141  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01910  Autolysin sensor kinase  35.78 
 
 		 729 aa  141  7.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.665726  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  21.89 
 
 		 1316 aa  139  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  20.93 
 
 		 1070 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  20.89 
 
 		 1355 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.02 
 
 		 1373 aa  136  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  22.29 
 
 		 1400 aa  135  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  21.08 
 
 		 1053 aa  134  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.69 
 
 		 1079 aa  135  6.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  24.33 
 
 		 1004 aa  134  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  19.83 
 
 		 1363 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  21.8 
 
 		 1324 aa  134  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  22.39 
 
 		 1347 aa  132  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  21.58 
 
 		 1373 aa  132  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  22.22 
 
 		 1034 aa  132  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  21.04 
 
 		 1343 aa  132  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 		 1453 aa  131  7.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.32 
 
 		 1226 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.56 
 
 		 1414 aa  131  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  21.37 
 
 		 1070 aa  131  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  35.41 
 
 		 671 aa  131  9.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3977  signal transduction histidine kinase, LytS  36.56 
 
 		 675 aa  125  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.932944  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  21.69 
 
 		 1118 aa  124  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  21.67 
 
 		 1250 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  21.12 
 
 		 1017 aa  124  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 		 1211 aa  122  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  20.91 
 
 		 1334 aa  122  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  19.03 
 
 		 1404 aa  121  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  21.55 
 
 		 1378 aa  120  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6581  signal transduction histidine kinase, LytS  35.05 
 
 		 541 aa  120  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  20.73 
 
 		 1175 aa  119  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  22.94 
 
 		 1515 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  25.34 
 
 		 1021 aa  119  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  23.42 
 
 		 1335 aa  118  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.95 
 
 		 1237 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  22.11 
 
 		 946 aa  115  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  21.07 
 
 		 1063 aa  114  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  19.3 
 
 		 1242 aa  112  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  20.14 
 
 		 1278 aa  112  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  26.85 
 
 		 1298 aa  110  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0672  signal transduction histidine kinase, LytS  30.65 
 
 		 289 aa  108  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  33.64 
 
 		 455 aa  108  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1584  histidine kinase internal region  36.28 
 
 		 304 aa  107  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0238683 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  22.47 
 
 		 1005 aa  107  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  20.31 
 
 		 1502 aa  106  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  20.91 
 
 		 1374 aa  106  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  22.2 
 
 		 1494 aa  106  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  32.81 
 
 		 374 aa  105  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  19.69 
 
 		 954 aa  105  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.55 
 
 		 1504 aa  105  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  35.33 
 
 		 381 aa  102  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.92 
 
 		 1508 aa  102  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  23.12 
 
 		 1013 aa  102  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0495  histidine kinase internal region  35.26 
 
 		 604 aa  102  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.11 
 
 		 1508 aa  101  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.42 
 
 		 1511 aa  101  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  27.17 
 
 		 362 aa  100  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  30.95 
 
 		 369 aa  101  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 		 465 aa  100  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  23.26 
 
 		 1351 aa  101  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  20.7 
 
 		 1084 aa  100  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  33.68 
 
 		 831 aa  100  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1376  signal transduction histidine kinase, LytS  34.3 
 
 		 405 aa  98.6  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.77 
 
 		 1030 aa  98.6  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3406  histidine kinase internal region  32.31 
 
 		 603 aa  97.4  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.264135  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  20.46 
 
 		 1075 aa  97.4  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>