More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1872 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  43.75 
 
 		 1093 aa  904    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  100 
 
 		 1046 aa  2151    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  25.74 
 
 		 1054 aa  222  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  24.06 
 
 		 1024 aa  207  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.22 
 
 		 1105 aa  199  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.36 
 
 		 1258 aa  195  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.56 
 
 		 1063 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  24.13 
 
 		 1407 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  23.04 
 
 		 1374 aa  184  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  25.03 
 
 		 1397 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  24.12 
 
 		 1373 aa  180  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  26.66 
 
 		 1370 aa  178  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  23.68 
 
 		 1378 aa  174  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  24.85 
 
 		 1400 aa  174  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  22.63 
 
 		 1526 aa  174  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.42 
 
 		 1079 aa  172  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  25.82 
 
 		 1118 aa  172  4e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  24.36 
 
 		 987 aa  172  4e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  23.23 
 
 		 1355 aa  170  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.41 
 
 		 1093 aa  169  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.39 
 
 		 1396 aa  167  9e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  22.93 
 
 		 1351 aa  166  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 		 1226 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  22.9 
 
 		 1086 aa  162  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.07 
 
 		 1070 aa  162  4e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  22.4 
 
 		 1017 aa  160  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.3 
 
 		 1414 aa  155  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.23 
 
 		 1070 aa  155  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  24.6 
 
 		 1334 aa  153  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25.31 
 
 		 1114 aa  151  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.51 
 
 		 1053 aa  149  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  24.71 
 
 		 1004 aa  149  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.06 
 
 		 1498 aa  148  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  23.2 
 
 		 1250 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  22.1 
 
 		 1175 aa  147  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  23.32 
 
 		 1278 aa  147  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  21.22 
 
 		 1185 aa  146  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  23.17 
 
 		 1388 aa  145  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  22.58 
 
 		 1347 aa  145  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  36.14 
 
 		 373 aa  144  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.37 
 
 		 1242 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  21.17 
 
 		 1404 aa  143  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  21.38 
 
 		 1342 aa  142  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  24.22 
 
 		 1194 aa  142  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  23.31 
 
 		 1278 aa  142  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  21.14 
 
 		 1378 aa  140  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3669  histidine kinase  36.29 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  21.52 
 
 		 1340 aa  139  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.65 
 
 		 1316 aa  139  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.13 
 
 		 1237 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.11 
 
 		 1355 aa  139  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  21.86 
 
 		 1366 aa  139  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3911  signal transduction histidine kinase  20.35 
 
 		 1093 aa  138  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25512  normal  0.0971599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  23.3 
 
 		 1418 aa  138  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 		 644 aa  137  8e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  24.34 
 
 		 1374 aa  137  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  22.28 
 
 		 954 aa  137  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  20.61 
 
 		 1384 aa  135  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 		 707 aa  134  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 		 684 aa  134  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  30.77 
 
 		 683 aa  132  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  21.9 
 
 		 1034 aa  131  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 484 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  20.8 
 
 		 1373 aa  130  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 366 aa  130  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 363 aa  129  3e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 700 aa  128  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 1168 aa  128  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  33.07 
 
 		 687 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 1229 aa  127  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  33.88 
 
 		 619 aa  127  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 703 aa  127  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0142  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 485 aa  126  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0150  histidine kinase  34.43 
 
 		 485 aa  126  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  33.88 
 
 		 680 aa  126  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  33.2 
 
 		 515 aa  125  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2235  histidine kinase  33.74 
 
 		 457 aa  126  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 359 aa  126  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  33.88 
 
 		 680 aa  126  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 703 aa  125  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 799 aa  125  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1316  sensor histidine protein kinase  38.05 
 
 		 525 aa  124  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.176896  normal  0.0650582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  30.7 
 
 		 797 aa  124  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  30.26 
 
 		 799 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  34.4 
 
 		 1226 aa  123  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 		 795 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  34.4 
 
 		 1101 aa  123  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 		 795 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 692 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 		 420 aa  123  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  33.86 
 
 		 783 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.41 
 
 		 1276 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 521 aa  123  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0289  transmembrane sensor kinase vsrA transcription regulator protein  32.13 
 
 		 474 aa  122  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.79349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 541 aa  122  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  30.57 
 
 		 795 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 462 aa  121  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 462 aa  121  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>