More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0409 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  94.72 
 
 
795 aa  1431    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
795 aa  1589    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  99.5 
 
 
795 aa  1583    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  59.95 
 
 
801 aa  870    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  64.02 
 
 
799 aa  975    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  72.4 
 
 
799 aa  1120    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  89.31 
 
 
795 aa  1384    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  65.76 
 
 
797 aa  979    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  61.9 
 
 
670 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  61.3 
 
 
671 aa  525  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
1168 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  33.78 
 
 
493 aa  228  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
748 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  37.47 
 
 
463 aa  212  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
546 aa  212  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 
541 aa  211  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 
541 aa  208  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
463 aa  208  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  36.66 
 
 
492 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
492 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
492 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  36.66 
 
 
492 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
492 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  36.66 
 
 
463 aa  207  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
526 aa  207  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.75 
 
 
490 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 
553 aa  198  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  34.34 
 
 
515 aa  196  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  42.92 
 
 
683 aa  193  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.92 
 
 
671 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.02 
 
 
665 aa  184  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  42.32 
 
 
687 aa  181  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1988  putative signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
479 aa  180  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00146198  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  42.59 
 
 
619 aa  179  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  42.59 
 
 
680 aa  179  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  42.59 
 
 
680 aa  179  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.16 
 
 
703 aa  179  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.19 
 
 
700 aa  178  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.08 
 
 
448 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.76 
 
 
700 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.76 
 
 
700 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 
489 aa  173  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.03 
 
 
707 aa  172  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.03 
 
 
684 aa  172  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.15 
 
 
703 aa  171  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1334  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  34.81 
 
 
314 aa  171  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  43.7 
 
 
450 aa  171  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  44.59 
 
 
1809 aa  171  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
363 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
384 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
366 aa  163  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  40.59 
 
 
740 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.43 
 
 
462 aa  162  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.43 
 
 
462 aa  162  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 
370 aa  160  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  40.87 
 
 
575 aa  160  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  40.87 
 
 
575 aa  160  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  40.87 
 
 
575 aa  160  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.33 
 
 
692 aa  155  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 
384 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  39.75 
 
 
458 aa  154  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
439 aa  154  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
509 aa  154  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
598 aa  153  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  41.05 
 
 
598 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
594 aa  150  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  37.15 
 
 
383 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
363 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
596 aa  149  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
595 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 
493 aa  146  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  38.53 
 
 
373 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  32.98 
 
 
1101 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3793  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
373 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2783  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
513 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4393  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 
582 aa  140  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0582  signal transduction histidine kinase-like protein  36.73 
 
 
394 aa  140  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4526  histidine kinase  39.3 
 
 
582 aa  140  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.218354 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
1229 aa  139  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
420 aa  139  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  37.5 
 
 
830 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  40.44 
 
 
410 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.64 
 
 
372 aa  139  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0092  histidine kinase  36.65 
 
 
461 aa  137  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1608  histidine kinase  36.47 
 
 
565 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3067  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 
373 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1102  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
364 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  31.62 
 
 
1226 aa  135  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 
395 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
347 aa  134  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
385 aa  134  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0289  transmembrane sensor kinase vsrA transcription regulator protein  36.45 
 
 
474 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.79349  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
644 aa  133  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
412 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
748 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.2 
 
 
410 aa  131  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
359 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 
484 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
378 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164628  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>