More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1587 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  100 
 
 
493 aa  995    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1988  putative signal transduction histidine kinase  40.97 
 
 
479 aa  269  8e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00146198  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 
1168 aa  257  3e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  35.76 
 
 
799 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
801 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  35.98 
 
 
797 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
799 aa  242  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  35.5 
 
 
795 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
795 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
795 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
795 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1334  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  39.72 
 
 
314 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 
748 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 
546 aa  160  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1596  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.17 
 
 
385 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
526 aa  158  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
541 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
363 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
489 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
490 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
541 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
684 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  39.43 
 
 
458 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
692 aa  150  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
707 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
703 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  33.76 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  36 
 
 
619 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  33.76 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  33.76 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  33.76 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  33.76 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  33.76 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  36 
 
 
680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
492 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  36.14 
 
 
680 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
700 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
700 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  36.25 
 
 
373 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
700 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
703 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3793  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
373 aa  147  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  35.43 
 
 
687 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
671 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  31.85 
 
 
463 aa  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
553 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
462 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
462 aa  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0582  signal transduction histidine kinase-like protein  38.94 
 
 
394 aa  143  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
450 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
665 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  36.03 
 
 
1809 aa  140  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  34.06 
 
 
671 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  35.36 
 
 
670 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  33.86 
 
 
683 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
448 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3067  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
373 aa  137  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0564  putative signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
383 aa  136  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  36.72 
 
 
740 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  36.18 
 
 
383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 
370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  29.56 
 
 
515 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 
385 aa  134  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
493 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
420 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17340  intracellular sensory histidine protein kinase, two component  36.6 
 
 
356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.54 
 
 
598 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  36.36 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  36.36 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  36.36 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
596 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1608  histidine kinase  33.7 
 
 
565 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
473 aa  127  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  32.9 
 
 
598 aa  127  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
378 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164628  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  35.75 
 
 
410 aa  126  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
594 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
412 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0153  histidine kinase  35.69 
 
 
325 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2235  histidine kinase  37.5 
 
 
457 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 
366 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
595 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0150  histidine kinase  37.67 
 
 
485 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1231  histidine kinase  34.45 
 
 
482 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0142  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 
485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1456  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.249637 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3077  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
378 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1512  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
514 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
748 aa  121  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 
509 aa  121  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2660  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3104  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4526  histidine kinase  36.09 
 
 
582 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.218354 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4393  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
582 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0123  sensor histidine kinase  34.14 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
347 aa  118  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>