More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1401 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
384 aa  767    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  40.05 
 
 
373 aa  240  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 
363 aa  180  4e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.23 
 
 
439 aa  180  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.2 
 
 
489 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  44.8 
 
 
1168 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  42.51 
 
 
619 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  42.51 
 
 
680 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  42.11 
 
 
680 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  39.17 
 
 
683 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  41.43 
 
 
687 aa  170  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.79 
 
 
799 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
795 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0564  putative signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
383 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.44 
 
 
450 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
795 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 
541 aa  166  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
372 aa  166  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
703 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  41.81 
 
 
795 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0582  signal transduction histidine kinase-like protein  32.58 
 
 
394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.44 
 
 
795 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1596  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430448 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 
541 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
385 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  40.26 
 
 
797 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  39.17 
 
 
740 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 
700 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 
700 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 
700 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  39.75 
 
 
671 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  39.17 
 
 
575 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  39.48 
 
 
515 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  39.17 
 
 
575 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 
671 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
703 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  38.75 
 
 
575 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.73 
 
 
707 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.46 
 
 
598 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.09 
 
 
692 aa  158  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.17 
 
 
553 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  40.25 
 
 
598 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.91 
 
 
684 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
748 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
665 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  39.39 
 
 
799 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
462 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
462 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 
448 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 
366 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
363 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
394 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
420 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  39.39 
 
 
492 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  39.39 
 
 
492 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  39.39 
 
 
463 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
492 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  39.57 
 
 
670 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  39.39 
 
 
463 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  39.39 
 
 
492 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.63 
 
 
384 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  39.39 
 
 
492 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0652  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
382 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.625385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
596 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  38.43 
 
 
410 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.37 
 
 
595 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2145  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
408 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  30.94 
 
 
393 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.84 
 
 
594 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  37.3 
 
 
1809 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2448  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.27 
 
 
393 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.760608  hitchhiker  0.00120668 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 
490 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3793  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
373 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
408 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  42 
 
 
458 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
801 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
410 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.79 
 
 
347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
404 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  40.17 
 
 
463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
395 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
359 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
408 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 
546 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
521 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
412 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
408 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.58 
 
 
562 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
484 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 
526 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.92 
 
 
493 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3067  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 
373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  37.5 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 
509 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.84 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164628  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2802  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
406 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 
395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3077  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.84 
 
 
378 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.49 
 
 
370 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1988  putative signal transduction histidine kinase  32 
 
 
479 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00146198  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>