More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3424 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
378 aa  766    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164628  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3077  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  97.35 
 
 
378 aa  750    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.16 
 
 
493 aa  345  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.51 
 
 
366 aa  343  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  49.72 
 
 
363 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.58 
 
 
370 aa  324  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.89 
 
 
384 aa  318  9e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  40.56 
 
 
687 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  40.17 
 
 
680 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  40.17 
 
 
619 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  40.17 
 
 
680 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
703 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 
671 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
665 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  38.6 
 
 
515 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 
700 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 
700 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
448 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
703 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 
684 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
700 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 
707 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5434  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.15 
 
 
539 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489177  normal  0.0484799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
450 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 
462 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 
462 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.86 
 
 
528 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.568926  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6406  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.86 
 
 
528 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0853653  normal  0.114934 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  46.36 
 
 
784 aa  176  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1391  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
526 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444347  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6439  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
776 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249109  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
529 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.17892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0717  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  64.8 
 
 
641 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.34 
 
 
639 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.38 
 
 
530 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.309803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5085  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.16 
 
 
530 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.16 
 
 
643 aa  162  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  35.63 
 
 
458 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  60.47 
 
 
678 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  36.64 
 
 
492 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  36.64 
 
 
492 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  36.64 
 
 
492 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  36.64 
 
 
492 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.03 
 
 
651 aa  162  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
492 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.99 
 
 
490 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  36.64 
 
 
463 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  33.24 
 
 
683 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  38.49 
 
 
463 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  37.58 
 
 
463 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.79 
 
 
657 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.93 
 
 
657 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.435635  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55 
 
 
660 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.52 
 
 
766 aa  160  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
642 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
748 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
789 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
789 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.04 
 
 
821 aa  159  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.39 
 
 
538 aa  159  9e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60 
 
 
891 aa  159  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  34 
 
 
1101 aa  159  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.92 
 
 
642 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.22 
 
 
653 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.35 
 
 
815 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5679  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.73 
 
 
845 aa  156  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.304618  normal  0.613324 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.68 
 
 
655 aa  156  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.748554  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.15 
 
 
508 aa  155  8e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.35 
 
 
781 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  33.05 
 
 
1226 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.38 
 
 
775 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.45 
 
 
783 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.72 
 
 
662 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1229 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  34 
 
 
383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
541 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.48 
 
 
810 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
386 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
386 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0535  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.62 
 
 
383 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.175177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  40.43 
 
 
699 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.62 
 
 
650 aa  150  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
386 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
386 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.76 
 
 
383 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.143908  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05296  Two-component system protein A (EC 2.7.13.3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9P896]  44.32 
 
 
682 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.7 
 
 
630 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0506  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.93 
 
 
383 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  40.09 
 
 
650 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.66 
 
 
774 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.65 
 
 
807 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
541 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.17 
 
 
904 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.3 
 
 
789 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  48.43 
 
 
779 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  54.96 
 
 
698 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.33 
 
 
817 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  47.17 
 
 
746 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.3 
 
 
743 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  55.65 
 
 
812 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>