More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3550 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  92.49 
 
 
386 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  91.97 
 
 
386 aa  721    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
386 aa  784    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.98 
 
 
386 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.07 
 
 
508 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.65 
 
 
630 aa  338  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.5 
 
 
653 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  47.96 
 
 
678 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.48 
 
 
651 aa  335  5.999999999999999e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 
660 aa  334  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  48.53 
 
 
650 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  47.31 
 
 
699 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.72 
 
 
781 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.27 
 
 
789 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.27 
 
 
789 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.36 
 
 
807 aa  324  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.77 
 
 
662 aa  323  4e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.87 
 
 
650 aa  320  3e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.74 
 
 
789 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
642 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 
642 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.28 
 
 
810 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.47 
 
 
815 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.98 
 
 
766 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 
782 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.34 
 
 
774 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.28 
 
 
538 aa  300  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.69 
 
 
650 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.96 
 
 
639 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.05 
 
 
387 aa  249  5e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
743 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 
557 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 
655 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  37.93 
 
 
812 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 
650 aa  223  7e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.74 
 
 
773 aa  220  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 
773 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 
1050 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 
1076 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 
688 aa  215  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 
1134 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1106 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
962 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
853 aa  210  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
769 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  37.02 
 
 
544 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
673 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.66 
 
 
699 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.27 
 
 
1081 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
559 aa  208  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
807 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
643 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  40.11 
 
 
533 aa  206  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  37.46 
 
 
544 aa  206  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.83 
 
 
539 aa  205  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
632 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  39.83 
 
 
533 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
1053 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  36.34 
 
 
534 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
922 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1105 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
1260 aa  203  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
777 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.7 
 
 
1260 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 
759 aa  203  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 
1224 aa  203  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 
657 aa  203  5e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1148 aa  203  5e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  45.99 
 
 
552 aa  203  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.26 
 
 
818 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 
551 aa  202  6e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.27 
 
 
1215 aa  202  6e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.08 
 
 
661 aa  202  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
859 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 
926 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 
983 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
576 aa  201  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.413012  normal  0.0352192 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
647 aa  201  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.07 
 
 
681 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 
714 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.756709  normal  0.201817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  35.16 
 
 
622 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.79 
 
 
753 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 
622 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  37.99 
 
 
533 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  39.64 
 
 
676 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 
942 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  35.1 
 
 
541 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.23 
 
 
703 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  35.1 
 
 
541 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  35.84 
 
 
936 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
1013 aa  199  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  38.14 
 
 
507 aa  199  6e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 
806 aa  199  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  36.1 
 
 
534 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  46.06 
 
 
529 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 
979 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 
1193 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.99 
 
 
1122 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
943 aa  199  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2659  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
1070 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.337944  normal  0.276356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>