More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4432 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
630 aa  1265    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.31 
 
 
662 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.61 
 
 
810 aa  587  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.53 
 
 
660 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  50.08 
 
 
678 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.43 
 
 
651 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
653 aa  570  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.52 
 
 
642 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.87 
 
 
650 aa  557  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.34 
 
 
642 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.84 
 
 
639 aa  549  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.07 
 
 
815 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.21 
 
 
789 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.21 
 
 
789 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.09 
 
 
807 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.3 
 
 
781 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  45.4 
 
 
699 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.41 
 
 
782 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.09 
 
 
789 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  44.96 
 
 
650 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.1 
 
 
538 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.8 
 
 
508 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 
743 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  38.93 
 
 
812 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 
766 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.3 
 
 
774 aa  391  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 
942 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.68 
 
 
650 aa  354  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.34 
 
 
386 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 
386 aa  339  7e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.65 
 
 
386 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 
814 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 
1011 aa  334  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.51 
 
 
837 aa  330  4e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
1014 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
764 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 
1415 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
1059 aa  326  6e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
1057 aa  325  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 
826 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 
821 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
809 aa  320  5e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.47 
 
 
386 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  40.86 
 
 
783 aa  317  5e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.77 
 
 
946 aa  317  6e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 
727 aa  316  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.01 
 
 
742 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.1 
 
 
785 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  47.33 
 
 
632 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
1426 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.15 
 
 
783 aa  312  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  47.8 
 
 
632 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  34.14 
 
 
1427 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.99 
 
 
899 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  35.92 
 
 
796 aa  310  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.25 
 
 
712 aa  309  9e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.89 
 
 
944 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.56 
 
 
795 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 
1224 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 
1076 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.6 
 
 
584 aa  306  7e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  33.28 
 
 
793 aa  306  8.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 
703 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  42.75 
 
 
684 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
632 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
943 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 
684 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 
822 aa  303  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  42.05 
 
 
533 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 
585 aa  302  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  41.83 
 
 
533 aa  302  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  41.1 
 
 
541 aa  302  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  40.68 
 
 
541 aa  301  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  40.68 
 
 
541 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
853 aa  301  3e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 
673 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  42.69 
 
 
1299 aa  300  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
859 aa  299  9e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0717  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
641 aa  299  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 
888 aa  298  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 
962 aa  298  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 
1076 aa  297  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.48 
 
 
639 aa  297  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  39.96 
 
 
539 aa  296  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 
693 aa  296  8e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.89 
 
 
655 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
946 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 
1260 aa  296  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  41.44 
 
 
638 aa  295  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  39.01 
 
 
587 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.01 
 
 
587 aa  295  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
657 aa  294  3e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
1053 aa  293  9e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.71 
 
 
732 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.26 
 
 
722 aa  292  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 
936 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.3 
 
 
736 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1260 aa  291  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.61 
 
 
727 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.28 
 
 
1092 aa  291  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>