More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4184 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  61.57 
 
 
746 aa  849    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  60.62 
 
 
779 aa  858    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  47.16 
 
 
784 aa  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
783 aa  1543    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.48 
 
 
1007 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0186  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.35 
 
 
657 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 
530 aa  308  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2390  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.11 
 
 
618 aa  303  7.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.868312  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.22 
 
 
935 aa  293  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 
869 aa  292  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0717  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38 
 
 
641 aa  290  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
697 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5434  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
539 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489177  normal  0.0484799 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2100  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.25 
 
 
637 aa  284  4.0000000000000003e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.269626 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6413  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  43.55 
 
 
404 aa  283  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.341429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.99 
 
 
878 aa  281  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
602 aa  281  4e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1924  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 
901 aa  280  8e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 
657 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  38.14 
 
 
1077 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
530 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.309803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5085  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 
530 aa  273  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05296  Two-component system protein A (EC 2.7.13.3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9P896]  34.37 
 
 
682 aa  271  4e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  34.97 
 
 
823 aa  269  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1391  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
526 aa  268  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444347  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6439  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
776 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249109  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6406  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
528 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0853653  normal  0.114934 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 
528 aa  266  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.568926  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.1 
 
 
948 aa  262  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 
529 aa  261  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.17892 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
633 aa  261  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.37 
 
 
833 aa  260  8e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1189  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
971 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1124  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 
502 aa  256  1.0000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.963767  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.84 
 
 
674 aa  254  3e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
657 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.435635  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1090 aa  252  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1409  Signal transduction histidine kinase-like  36.71 
 
 
685 aa  252  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1090 aa  251  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
639 aa  249  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
881 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.66 
 
 
652 aa  248  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.950985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.99 
 
 
780 aa  248  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0535  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.01 
 
 
383 aa  248  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.175177  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  40.49 
 
 
938 aa  247  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  40.33 
 
 
1317 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 
1068 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.74 
 
 
383 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.143908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3143  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 
652 aa  244  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.417887  normal  0.0487579 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1167 aa  243  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 
989 aa  242  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5679  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
845 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.304618  normal  0.613324 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1046  histidine kinase  39.04 
 
 
489 aa  239  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00874969  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  35.86 
 
 
882 aa  239  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
989 aa  239  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  30.44 
 
 
943 aa  238  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.13 
 
 
1374 aa  238  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3381  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.93 
 
 
902 aa  238  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.247292 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  30 
 
 
1046 aa  237  6e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4197  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
679 aa  236  8e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3193  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  34.22 
 
 
1380 aa  235  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.112764 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
1229 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0506  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
383 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 
1041 aa  231  3e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
947 aa  230  6e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
870 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.96 
 
 
846 aa  228  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1193 aa  228  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1193 aa  228  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 
1059 aa  226  9e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 
1323 aa  226  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0962  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
823 aa  226  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.32 
 
 
969 aa  225  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 
791 aa  226  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 
774 aa  225  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 
827 aa  225  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.49 
 
 
1352 aa  224  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 
1611 aa  224  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3018  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.5 
 
 
1371 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.980757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
643 aa  223  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.31 
 
 
882 aa  223  8e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 
841 aa  223  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 
1326 aa  223  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
1237 aa  221  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1287 aa  221  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
653 aa  221  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  35.99 
 
 
2109 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
721 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 
932 aa  221  3.9999999999999997e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 
1127 aa  221  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
1267 aa  220  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  32.5 
 
 
1023 aa  220  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 
662 aa  220  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2208  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
823 aa  220  8.999999999999998e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
865 aa  219  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
680 aa  219  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
929 aa  220  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.6 
 
 
1578 aa  219  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3685  histidine kinase  37.29 
 
 
510 aa  219  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  32.4 
 
 
1535 aa  219  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>