More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0342 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 827 aa  1694    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3431  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.8 
 
 		 756 aa  475  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.35 
 
 		 781 aa  464  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2415  PAS sensor protein  37.08 
 
 		 810 aa  360  5e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.23 
 
 		 1313 aa  356  7.999999999999999e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.96 
 
 		 882 aa  337  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 		 959 aa  335  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 		 846 aa  333  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 1287 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 		 939 aa  327  4.0000000000000003e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.660448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 		 902 aa  325  2e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02206  hypothetical protein  35.41 
 
 		 827 aa  323  9.999999999999999e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.69 
 
 		 791 aa  322  1.9999999999999998e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3403  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 		 957 aa  320  5e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 1029 aa  318  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.29 
 
 		 1433 aa  318  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.2 
 
 		 1267 aa  317  4e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  39.17 
 
 		 1560 aa  317  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  34.25 
 
 		 943 aa  317  5e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 		 995 aa  317  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.81 
 
 		 1313 aa  315  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2127  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.42 
 
 		 815 aa  315  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.36 
 
 		 1407 aa  314  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 		 765 aa  313  5.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.4 
 
 		 763 aa  311  2.9999999999999997e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 1193 aa  311  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  44.81 
 
 		 982 aa  310  5e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.1 
 
 		 1199 aa  311  5e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.8 
 
 		 780 aa  308  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1222 aa  306  7e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2847  PAS  35.86 
 
 		 764 aa  306  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.445085  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 767 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 		 873 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 		 940 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 		 916 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.09 
 
 		 881 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  43.09 
 
 		 873 aa  305  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 969 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.93 
 
 		 631 aa  302  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.39 
 
 		 772 aa  301  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  37.01 
 
 		 1023 aa  301  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 		 926 aa  301  4e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 		 1452 aa  300  5e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 1350 aa  300  8e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.726459  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  40.09 
 
 		 1179 aa  300  1e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  41.65 
 
 		 651 aa  299  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  30.91 
 
 		 1287 aa  298  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.27 
 
 		 817 aa  298  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 1363 aa  297  4e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4006  histidine kinase  43.32 
 
 		 736 aa  297  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.155316  hitchhiker  0.00128379 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 973 aa  297  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  41.3 
 
 		 651 aa  297  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 		 965 aa  297  7e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 1116 aa  296  9e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 		 898 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 		 764 aa  295  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 		 969 aa  295  3e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.03 
 
 		 643 aa  294  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 1202 aa  294  5e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1044 aa  293  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 785 aa  293  9e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 		 643 aa  293  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1355  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 		 895 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0664  ATP-binding region, ATPase-like protein  42.03 
 
 		 853 aa  292  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 		 1127 aa  293  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 		 643 aa  293  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.04 
 
 		 606 aa  291  2e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0559  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.3 
 
 		 704 aa  292  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 1132 aa  292  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 		 1078 aa  291  3e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 		 643 aa  291  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1360  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.8 
 
 		 974 aa  291  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0191  histidine kinase  44.31 
 
 		 666 aa  291  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 877 aa  290  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4076  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 		 876 aa  290  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.32 
 
 		 743 aa  290  8e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 		 982 aa  290  9e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.42 
 
 		 957 aa  289  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 		 918 aa  289  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 		 1121 aa  289  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 738 aa  290  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 		 1075 aa  289  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 		 812 aa  289  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.01 
 
 		 1765 aa  290  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 		 939 aa  289  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2929  histidine kinase  40.41 
 
 		 606 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  34.71 
 
 		 797 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0852  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.52 
 
 		 859 aa  288  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.237693 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.95 
 
 		 1158 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2536  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 		 801 aa  288  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087707 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.03 
 
 		 947 aa  288  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 1059 aa  288  4e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.16 
 
 		 816 aa  287  5.999999999999999e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 863 aa  286  7e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0718  sensory box histidine kinase/response regulator  40.89 
 
 		 589 aa  286  8e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.97168  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 		 1229 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.36 
 
 		 1120 aa  286  1.0000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2393  histidine kinase  42.12 
 
 		 735 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.774182  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 		 647 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 870 aa  286  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>