More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1019 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.15 
 
 		 882 aa  803    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  53.71 
 
 		 935 aa  707    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 869 aa  1763    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.25 
 
 		 1007 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  52.99 
 
 		 576 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2390  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.75 
 
 		 618 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.868312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.79 
 
 		 602 aa  485  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6413  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  58.7 
 
 		 404 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.341429  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.68 
 
 		 530 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.61 
 
 		 1611 aa  352  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 		 1578 aa  345  2e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0186  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.8 
 
 		 657 aa  342  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1924  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 901 aa  327  5e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1409  Signal transduction histidine kinase-like  45.61 
 
 		 685 aa  326  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.42 
 
 		 570 aa  301  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.25 
 
 		 878 aa  301  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 948 aa  300  9e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.52 
 
 		 697 aa  295  3e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  36.43 
 
 		 1077 aa  292  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  37.02 
 
 		 779 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  37.74 
 
 		 746 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 933 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 784 aa  282  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3242  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 		 1027 aa  275  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.073449  normal  0.0177381 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 783 aa  266  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  30.49 
 
 		 823 aa  262  2e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 		 1167 aa  262  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 1041 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 833 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  34.11 
 
 		 938 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2100  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 		 637 aa  244  7e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.269626 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1124  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 502 aa  243  7.999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.963767  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 633 aa  242  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.02 
 
 		 1659 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 		 1313 aa  238  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  38.08 
 
 		 1317 aa  238  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.97 
 
 		 989 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 1363 aa  234  7.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 		 1222 aa  231  6e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 		 1274 aa  230  7e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 		 1629 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  29.88 
 
 		 1418 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.61 
 
 		 1629 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 989 aa  225  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 1625 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4197  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 		 679 aa  224  8e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.84 
 
 		 785 aa  223  9e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 922 aa  223  9e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6547  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.94 
 
 		 865 aa  223  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.325935 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 		 1426 aa  222  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  30.05 
 
 		 1417 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 982 aa  221  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  29.1 
 
 		 982 aa  220  8.999999999999998e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 		 1177 aa  219  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  28.97 
 
 		 1028 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 1271 aa  218  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  32.51 
 
 		 787 aa  217  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 1158 aa  217  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.88 
 
 		 1110 aa  216  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000219546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1977 aa  216  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.64 
 
 		 751 aa  216  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1189  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 		 971 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 		 437 aa  215  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  31.68 
 
 		 794 aa  215  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.94 
 
 		 1407 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 		 896 aa  214  4.9999999999999996e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 		 841 aa  213  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 		 860 aa  213  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.98 
 
 		 1959 aa  213  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 1058 aa  213  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 		 881 aa  212  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 1055 aa  211  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.96 
 
 		 1009 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3975  Cache sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 811 aa  211  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000222358  hitchhiker  0.00723661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2813  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 		 1632 aa  210  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.3 
 
 		 770 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2847  PAS  30.14 
 
 		 764 aa  208  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.445085  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3446  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 		 791 aa  209  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.285515  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.23 
 
 		 1452 aa  208  4e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.49 
 
 		 926 aa  208  4e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.94 
 
 		 939 aa  208  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 		 995 aa  207  6e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1277  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 969 aa  207  7e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1351  histidine kinase  34.75 
 
 		 596 aa  207  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57626  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.53 
 
 		 1287 aa  207  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  34.79 
 
 		 882 aa  206  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3764  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.79 
 
 		 917 aa  206  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.432635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.31 
 
 		 1116 aa  206  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3120  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.92 
 
 		 752 aa  205  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 		 969 aa  205  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 		 1146 aa  205  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 		 947 aa  204  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2206  histidine kinase  32.39 
 
 		 556 aa  204  6e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  31.18 
 
 		 853 aa  204  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 		 903 aa  204  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.81 
 
 		 674 aa  204  7e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.15 
 
 		 935 aa  204  7e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6560  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 720 aa  204  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441976  normal  0.646619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  33.41 
 
 		 1023 aa  204  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 		 1767 aa  204  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>