More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1531 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
643 aa  1330    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 
639 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 
657 aa  342  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.63 
 
 
657 aa  334  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.435635  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0717  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.34 
 
 
641 aa  332  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.45 
 
 
651 aa  331  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
660 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 
662 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 
642 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
642 aa  319  9e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  35.99 
 
 
678 aa  318  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 
653 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 
810 aa  312  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
650 aa  306  7e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
815 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
639 aa  290  6e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
781 aa  289  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 
538 aa  286  9e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
1339 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  33.14 
 
 
699 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 
630 aa  277  4e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
789 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
789 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
807 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.01 
 
 
782 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 
789 aa  271  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  33.52 
 
 
650 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.71 
 
 
693 aa  270  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.71 
 
 
693 aa  270  8e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.47 
 
 
693 aa  267  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
516 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 
384 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
520 aa  240  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
521 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1391  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
526 aa  233  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444347  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6439  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
776 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249109  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
529 aa  231  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.17892 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2062  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
951 aa  230  5e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.275424  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5434  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 
539 aa  230  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489177  normal  0.0484799 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
1195 aa  228  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6406  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
528 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0853653  normal  0.114934 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 
528 aa  226  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.568926  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 
786 aa  226  1e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2336  PAS sensor protein  37.12 
 
 
350 aa  223  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.870969  normal  0.135011 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  34.99 
 
 
784 aa  222  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.43 
 
 
493 aa  220  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.02 
 
 
743 aa  220  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  34.03 
 
 
746 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5085  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 
530 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  33.85 
 
 
779 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
634 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
783 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.17 
 
 
1535 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 
530 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.309803 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
770 aa  213  1e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0535  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 
383 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.175177  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
368 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
799 aa  209  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5679  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 
845 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.304618  normal  0.613324 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
628 aa  209  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
383 aa  207  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.143908  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  31.44 
 
 
723 aa  207  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  31.44 
 
 
723 aa  207  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  33.12 
 
 
821 aa  206  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  32.9 
 
 
723 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  33.12 
 
 
821 aa  206  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  32.9 
 
 
723 aa  206  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  33.12 
 
 
821 aa  206  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
683 aa  204  3e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  34.06 
 
 
812 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05296  Two-component system protein A (EC 2.7.13.3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9P896]  33.49 
 
 
682 aa  204  5e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 
789 aa  202  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
524 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.92 
 
 
1084 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0506  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
383 aa  200  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
1267 aa  200  6e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 
1140 aa  200  6e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
775 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
904 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
712 aa  198  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
642 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
767 aa  197  7e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 
883 aa  196  8.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.6 
 
 
781 aa  196  1e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0255  sensory box histidine kinase  29.2 
 
 
616 aa  195  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.93 
 
 
1807 aa  195  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
960 aa  195  2e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  28.04 
 
 
812 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
821 aa  195  3e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
793 aa  194  3e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 
766 aa  194  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.59 
 
 
810 aa  194  5e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
1068 aa  193  8e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.62 
 
 
704 aa  191  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
499 aa  190  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
566 aa  190  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4766  signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 
461 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134291  normal  0.334258 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 
1064 aa  189  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 
640 aa  189  2e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
655 aa  188  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.748554  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>