More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0893 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
359 aa  722    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  74.47 
 
 
701 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.18 
 
 
484 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.9 
 
 
644 aa  166  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
1229 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  39.91 
 
 
1101 aa  153  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  39.91 
 
 
1226 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  36.8 
 
 
683 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  58.4 
 
 
257 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  32.12 
 
 
373 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1231  histidine kinase  35.27 
 
 
482 aa  149  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.45 
 
 
450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 
448 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  39.34 
 
 
783 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1608  histidine kinase  35.88 
 
 
565 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 
490 aa  147  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
384 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 
700 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
526 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.94 
 
 
472 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1965  histidine kinase  37.99 
 
 
662 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.632766  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2043  histidine kinase  35.09 
 
 
388 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1880  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 
662 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0862215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1809  histidine kinase  38.84 
 
 
640 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
658 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 
541 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1238  histidine kinase  37.95 
 
 
377 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0477765  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000982334  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  39.74 
 
 
1809 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
541 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2107  histidine kinase  37.5 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
535 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0662  sensor histidine kinase  35.8 
 
 
381 aa  140  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 
953 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_600  sensor histidine kinase  35.8 
 
 
381 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0751439  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3669  histidine kinase  41.71 
 
 
489 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  35.43 
 
 
1093 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1268  histidine kinase  36.07 
 
 
392 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  36.64 
 
 
515 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  38.53 
 
 
458 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
603 aa  138  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
553 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  39.39 
 
 
799 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0301  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
748 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  41.59 
 
 
772 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
546 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  38.26 
 
 
797 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
376 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.531352 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
521 aa  136  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.85 
 
 
591 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1193  histidine kinase  35.55 
 
 
497 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0280854  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  53.33 
 
 
316 aa  135  8e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1864  Sensor DegS domain protein  36.61 
 
 
391 aa  135  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000165606  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 
771 aa  135  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.3 
 
 
490 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 
799 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  51.2 
 
 
131 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 
462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  51.2 
 
 
380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 
462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.12 
 
 
775 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3575  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
475 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3211  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
594 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01020  sensory box histidine kinase  36.16 
 
 
710 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0755055  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
377 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
596 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06146  sensory box histidine kinase  36.16 
 
 
710 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0682167  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
595 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  38.5 
 
 
830 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
373 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 
1168 aa  133  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  35.9 
 
 
619 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  35.9 
 
 
680 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
770 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  35.9 
 
 
680 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 
509 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  54.92 
 
 
636 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  34.87 
 
 
687 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  48.2 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 
801 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.81 
 
 
455 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
795 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
795 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  36.95 
 
 
383 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  34.5 
 
 
575 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  34.5 
 
 
575 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  34.5 
 
 
575 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0408  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
357 aa  129  6e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.414543  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0153  histidine kinase  40.85 
 
 
325 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 
640 aa  129  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
703 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  52.46 
 
 
135 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1204  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
779 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 
363 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.1 
 
 
455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 
784 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
700 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700823 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  49.6 
 
 
461 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  33.48 
 
 
1739 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>