More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3788 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  60.9 
 
 
783 aa  918    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  87.48 
 
 
775 aa  1368    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.1 
 
 
771 aa  843    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  69.77 
 
 
770 aa  1043    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  100 
 
 
772 aa  1556    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.14 
 
 
751 aa  442  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
749 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
769 aa  405  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.77 
 
 
765 aa  397  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.25 
 
 
849 aa  385  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 
775 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 
760 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 
760 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  38.69 
 
 
776 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
775 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
779 aa  366  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
1002 aa  361  3e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
760 aa  360  4e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
769 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
751 aa  353  7e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  41.23 
 
 
762 aa  352  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  37.02 
 
 
842 aa  351  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
758 aa  351  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1013 aa  349  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  45 
 
 
738 aa  342  1e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.73 
 
 
762 aa  342  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  37.28 
 
 
856 aa  340  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  38.88 
 
 
855 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 
746 aa  338  1.9999999999999998e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  37.38 
 
 
847 aa  335  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  37.38 
 
 
847 aa  335  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
758 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.64 
 
 
847 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  37.5 
 
 
852 aa  329  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.58 
 
 
846 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.62 
 
 
844 aa  328  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
756 aa  317  5e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
751 aa  317  6e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.19 
 
 
748 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
774 aa  313  4.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  37.99 
 
 
723 aa  313  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  34.4 
 
 
745 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.82 
 
 
1002 aa  312  1e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
746 aa  311  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  37.8 
 
 
755 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.82 
 
 
1002 aa  311  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  35.19 
 
 
722 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
748 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.12 
 
 
745 aa  308  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  35.67 
 
 
732 aa  308  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.67 
 
 
732 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
762 aa  304  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  35.27 
 
 
731 aa  302  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
791 aa  301  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  38.24 
 
 
760 aa  299  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
745 aa  296  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.03 
 
 
755 aa  296  8e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  31.25 
 
 
509 aa  295  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.9 
 
 
770 aa  294  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  32.27 
 
 
508 aa  294  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  36.36 
 
 
798 aa  294  4e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  35.82 
 
 
759 aa  293  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  34.86 
 
 
993 aa  292  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.97 
 
 
1003 aa  290  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
743 aa  290  8e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
709 aa  289  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
799 aa  288  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
752 aa  286  8e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  35.93 
 
 
856 aa  285  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  37.04 
 
 
728 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.63 
 
 
772 aa  283  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  36.02 
 
 
728 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  34.51 
 
 
625 aa  271  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.31 
 
 
721 aa  268  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
763 aa  265  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  37.17 
 
 
567 aa  264  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  32.4 
 
 
812 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
759 aa  260  6e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 
874 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  31.17 
 
 
844 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
757 aa  253  8.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
755 aa  250  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
875 aa  248  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  31.48 
 
 
895 aa  247  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  34.53 
 
 
822 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 
762 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  28.4 
 
 
506 aa  243  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4453  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.59 
 
 
376 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.89 
 
 
980 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
871 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2405  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  48.95 
 
 
376 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.90978  normal  0.0505439 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.69 
 
 
931 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  33.27 
 
 
936 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
783 aa  231  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3427  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.48 
 
 
378 aa  223  8e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
864 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  31.01 
 
 
689 aa  222  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3782  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.15 
 
 
377 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
865 aa  211  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.88 
 
 
884 aa  210  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>