More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2403 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.4 
 
 		 758 aa  787    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  83.66 
 
 		 775 aa  1319    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  71.48 
 
 		 779 aa  1115    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  53.15 
 
 		 762 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  100 
 
 		 776 aa  1576    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  53.13 
 
 		 758 aa  772    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  69.66 
 
 		 775 aa  1097    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.09 
 
 		 751 aa  599  1e-170  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 		 749 aa  585  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 		 760 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 		 765 aa  545  1e-154  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 		 760 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 		 760 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.37 
 
 		 769 aa  535  1e-150  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 769 aa  520  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 		 762 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.37 
 
 		 751 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  37.58 
 
 		 755 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 		 748 aa  486  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 		 746 aa  481  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.42 
 
 		 748 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 		 756 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 		 791 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 751 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 		 762 aa  459  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 799 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 746 aa  452  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.87 
 
 		 745 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 774 aa  434  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 763 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 		 745 aa  432  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 		 1002 aa  431  1e-119  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  35.06 
 
 		 759 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 		 1013 aa  419  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 762 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  33.51 
 
 		 745 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 757 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 743 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 		 755 aa  401  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 		 752 aa  399  1e-109  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 1002 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 1002 aa  388  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  32.99 
 
 		 1003 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 		 775 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.38 
 
 		 993 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 		 759 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  38.69 
 
 		 772 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.75 
 
 		 849 aa  350  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 771 aa  349  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  31.21 
 
 		 783 aa  343  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.82 
 
 		 728 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  37.11 
 
 		 738 aa  335  2e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 783 aa  328  3e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.64 
 
 		 728 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.12 
 
 		 770 aa  323  7e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  37.73 
 
 		 798 aa  317  8e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 709 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  36.08 
 
 		 842 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 874 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.85 
 
 		 755 aa  307  6e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  34 
 
 		 731 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.48 
 
 		 732 aa  304  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  33.52 
 
 		 722 aa  302  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 		 856 aa  300  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.81 
 
 		 760 aa  300  8e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  33.4 
 
 		 732 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  33.76 
 
 		 772 aa  298  2e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 		 855 aa  298  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  35.98 
 
 		 723 aa  297  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 		 508 aa  297  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 875 aa  295  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  32.45 
 
 		 509 aa  295  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  30.04 
 
 		 895 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 740 aa  295  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 		 721 aa  294  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 871 aa  289  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.6 
 
 		 846 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  34.07 
 
 		 852 aa  284  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.73 
 
 		 847 aa  284  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.74 
 
 		 847 aa  283  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  31.69 
 
 		 847 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  31.54 
 
 		 844 aa  280  7e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.81 
 
 		 844 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.05 
 
 		 884 aa  276  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.17 
 
 		 908 aa  275  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  32.47 
 
 		 812 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  29.82 
 
 		 506 aa  273  7e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.82 
 
 		 980 aa  267  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  29.9 
 
 		 931 aa  266  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  33.27 
 
 		 625 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.24 
 
 		 864 aa  263  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 770 aa  260  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  34.19 
 
 		 567 aa  259  9e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  30.61 
 
 		 856 aa  251  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 865 aa  241  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 		 936 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  33.14 
 
 		 689 aa  234  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.53 
 
 		 435 aa  215  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.652277 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.38 
 
 		 493 aa  212  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.54 
 
 		 1807 aa  211  3e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>