More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2652 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  50.4 
 
 
745 aa  759    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  100 
 
 
993 aa  2031    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  85.57 
 
 
1003 aa  1726    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  50.53 
 
 
745 aa  754    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  51.4 
 
 
745 aa  768    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
751 aa  415  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.49 
 
 
749 aa  415  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 
775 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.63 
 
 
776 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
762 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
760 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
775 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
756 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
751 aa  379  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
779 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.59 
 
 
762 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
748 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
751 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
748 aa  365  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  33.16 
 
 
755 aa  364  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
758 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
1013 aa  361  5e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
769 aa  360  7e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 
1002 aa  360  7e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
758 aa  359  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
760 aa  357  7.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
760 aa  357  7.999999999999999e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 
765 aa  354  4e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
791 aa  353  8e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
746 aa  350  6e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 
1002 aa  348  3e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 
1002 aa  347  7e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
769 aa  343  9e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 
746 aa  343  1e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
743 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  32.22 
 
 
759 aa  330  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
799 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
771 aa  311  4e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.53 
 
 
728 aa  310  9e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
759 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.02 
 
 
762 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 
763 aa  303  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.42 
 
 
728 aa  302  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  37.48 
 
 
783 aa  301  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
774 aa  300  6e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.01 
 
 
849 aa  296  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  34.91 
 
 
772 aa  295  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.79 
 
 
908 aa  294  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 
775 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  37.71 
 
 
738 aa  291  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
752 aa  288  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 
755 aa  289  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  27.75 
 
 
884 aa  288  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
760 aa  288  4e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  33.45 
 
 
842 aa  287  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
783 aa  282  3e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
757 aa  279  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
762 aa  277  7e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.02 
 
 
755 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.27 
 
 
772 aa  275  4.0000000000000004e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
871 aa  273  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  34.84 
 
 
722 aa  267  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  33.51 
 
 
852 aa  265  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.01 
 
 
770 aa  262  3e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  35.97 
 
 
731 aa  261  6e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
709 aa  260  9e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  34.8 
 
 
723 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.03 
 
 
732 aa  260  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.07 
 
 
844 aa  255  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  32.26 
 
 
856 aa  253  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  34.43 
 
 
625 aa  253  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
864 aa  251  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  36.33 
 
 
798 aa  251  5e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  33.21 
 
 
812 aa  250  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  33.27 
 
 
732 aa  249  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.66 
 
 
980 aa  248  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.85 
 
 
855 aa  248  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
874 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.01 
 
 
847 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.66 
 
 
931 aa  245  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  32.14 
 
 
847 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.78 
 
 
844 aa  244  7e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  32.14 
 
 
847 aa  244  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  28.52 
 
 
895 aa  241  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
875 aa  240  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  33.07 
 
 
936 aa  240  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.56 
 
 
509 aa  233  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
740 aa  233  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
721 aa  230  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.01 
 
 
846 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 
508 aa  228  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  32.91 
 
 
567 aa  228  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  27.69 
 
 
506 aa  227  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  30.43 
 
 
856 aa  222  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  27.9 
 
 
1871 aa  209  2e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  27.7 
 
 
1280 aa  200  1.0000000000000001e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
770 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  28.03 
 
 
822 aa  191  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  31.12 
 
 
689 aa  189  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
865 aa  185  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>