More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2235 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  100 
 
 
865 aa  1730    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
758 aa  266  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 
751 aa  260  9e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 
775 aa  257  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 
749 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 
751 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.64 
 
 
846 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
775 aa  253  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  34.72 
 
 
762 aa  251  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
751 aa  246  9.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.31 
 
 
748 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  34.1 
 
 
776 aa  244  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  32.82 
 
 
844 aa  243  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.02 
 
 
849 aa  243  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  35.95 
 
 
755 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 
762 aa  239  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 
756 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 
771 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
758 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 
779 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  32.51 
 
 
745 aa  235  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.48 
 
 
844 aa  235  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
748 aa  235  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.95 
 
 
745 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 
752 aa  234  5e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  31.78 
 
 
856 aa  234  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
755 aa  232  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  33.52 
 
 
625 aa  232  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.64 
 
 
847 aa  232  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 
855 aa  229  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.39 
 
 
852 aa  228  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.33 
 
 
509 aa  228  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 
775 aa  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  34.01 
 
 
842 aa  226  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  29.91 
 
 
722 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.08 
 
 
1003 aa  226  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
745 aa  226  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  33.14 
 
 
755 aa  225  3e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
760 aa  224  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  33.4 
 
 
732 aa  224  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 
762 aa  223  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  33.52 
 
 
732 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
760 aa  222  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  30.63 
 
 
731 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  38.06 
 
 
738 aa  222  3e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 
757 aa  222  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
760 aa  222  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
709 aa  221  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
791 aa  220  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  35.99 
 
 
760 aa  219  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  29.87 
 
 
847 aa  218  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  29.87 
 
 
847 aa  218  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
769 aa  217  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.08 
 
 
1013 aa  217  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  31.87 
 
 
783 aa  217  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.79 
 
 
980 aa  217  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  32.26 
 
 
772 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 
743 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.46 
 
 
931 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  33.94 
 
 
567 aa  214  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  28.15 
 
 
508 aa  213  9e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  31.89 
 
 
770 aa  211  4e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
721 aa  211  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
774 aa  210  9e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  34.12 
 
 
798 aa  209  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
746 aa  209  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  31 
 
 
936 aa  208  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
1002 aa  203  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
769 aa  203  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
1002 aa  203  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.25 
 
 
728 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.02 
 
 
1002 aa  202  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  31.02 
 
 
723 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  27.63 
 
 
506 aa  202  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.5 
 
 
728 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  27.69 
 
 
822 aa  197  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
864 aa  192  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 
799 aa  192  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
765 aa  192  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  29.56 
 
 
812 aa  191  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 
746 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  30 
 
 
993 aa  185  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.09 
 
 
884 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 
759 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
875 aa  181  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  28.35 
 
 
759 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  31.42 
 
 
895 aa  180  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  39.45 
 
 
772 aa  178  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  29.23 
 
 
856 aa  177  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
871 aa  177  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
874 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  29.46 
 
 
689 aa  174  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
1194 aa  168  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.52 
 
 
991 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.6 
 
 
908 aa  165  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
783 aa  165  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 
1428 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.89 
 
 
759 aa  162  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0849  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 
518 aa  162  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
1338 aa  158  5.0000000000000005e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>