More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0423 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
799 aa  1657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
769 aa  466  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
779 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
775 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 
751 aa  464  1e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
775 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  34.07 
 
 
776 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
751 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
769 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
760 aa  450  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
760 aa  450  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
749 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
765 aa  443  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
762 aa  427  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
758 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
746 aa  417  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
791 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 
758 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  31.4 
 
 
762 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
762 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
751 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  33.37 
 
 
752 aa  416  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 
746 aa  410  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  32 
 
 
755 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
748 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
748 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
756 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
760 aa  391  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
755 aa  386  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
743 aa  389  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
757 aa  386  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
774 aa  361  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.31 
 
 
745 aa  352  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  31.33 
 
 
745 aa  350  9e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
745 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 
763 aa  337  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 
1002 aa  333  5e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 
1002 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  28.89 
 
 
759 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 
1002 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.4 
 
 
1013 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  30.14 
 
 
1003 aa  326  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  29.22 
 
 
993 aa  323  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  29.84 
 
 
783 aa  312  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.81 
 
 
772 aa  311  2.9999999999999997e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.06 
 
 
771 aa  303  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.23 
 
 
770 aa  302  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 
762 aa  300  6e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  35.57 
 
 
755 aa  297  5e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  29.53 
 
 
884 aa  290  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 
759 aa  290  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  28.85 
 
 
772 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.2 
 
 
775 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  32.85 
 
 
798 aa  284  4.0000000000000003e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  28.82 
 
 
728 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  33.83 
 
 
760 aa  279  2e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.83 
 
 
849 aa  276  9e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  29.06 
 
 
728 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.81 
 
 
844 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 
783 aa  273  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  29.5 
 
 
842 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  34.17 
 
 
847 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  33.57 
 
 
847 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  33.21 
 
 
738 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  32.32 
 
 
723 aa  267  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.46 
 
 
847 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  31.92 
 
 
509 aa  265  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  33.09 
 
 
852 aa  263  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 
740 aa  262  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  32.95 
 
 
567 aa  261  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.5 
 
 
846 aa  260  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  31.75 
 
 
625 aa  258  3e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  27.79 
 
 
908 aa  251  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
721 aa  250  7e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
871 aa  247  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.96 
 
 
844 aa  246  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  30.78 
 
 
856 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  30.42 
 
 
506 aa  243  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
709 aa  242  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  30.36 
 
 
855 aa  242  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  32.12 
 
 
722 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  31.76 
 
 
731 aa  238  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  31.44 
 
 
732 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  30.86 
 
 
732 aa  235  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  28.68 
 
 
508 aa  233  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
770 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01275  putative two-component sensor histidine kinase  42.96 
 
 
503 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.590202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  28.6 
 
 
812 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 
874 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.57 
 
 
875 aa  224  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  24.57 
 
 
895 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
864 aa  220  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  30.4 
 
 
856 aa  218  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1178  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.31 
 
 
1172 aa  212  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 
493 aa  207  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.97 
 
 
838 aa  206  1e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.04 
 
 
1807 aa  202  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
829 aa  202  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.254263  normal  0.520462 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0262  bacteriophytochrome-like protein  40.79 
 
 
505 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.268371 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  27.05 
 
 
931 aa  201  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>