More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3089 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
740 aa  1534    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
758 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
779 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  32.06 
 
 
762 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  31.66 
 
 
776 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
775 aa  303  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.59 
 
 
751 aa  303  9e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
775 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
758 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
765 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
751 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.01 
 
 
748 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
760 aa  280  9e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
769 aa  277  6e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.01 
 
 
746 aa  275  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
762 aa  274  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
769 aa  273  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
749 aa  271  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  28.65 
 
 
755 aa  271  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 
799 aa  270  7e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 
760 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 
760 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
746 aa  267  4e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
748 aa  267  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
756 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
752 aa  264  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.2 
 
 
1013 aa  252  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
762 aa  244  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 
743 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
751 aa  237  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 
1002 aa  237  7e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  28.4 
 
 
993 aa  236  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  27.7 
 
 
759 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
791 aa  233  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  27.09 
 
 
1003 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 
745 aa  228  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
774 aa  226  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
755 aa  222  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 
1002 aa  220  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 
1002 aa  220  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.42 
 
 
849 aa  218  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 
757 aa  217  5.9999999999999996e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  26.39 
 
 
728 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  26.75 
 
 
728 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  26.28 
 
 
745 aa  211  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 
763 aa  210  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.53 
 
 
884 aa  208  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  29.84 
 
 
772 aa  208  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  25 
 
 
745 aa  205  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
759 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 
775 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  31.26 
 
 
567 aa  201  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  29.5 
 
 
855 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  30.46 
 
 
732 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
783 aa  194  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
771 aa  194  4e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  30.93 
 
 
856 aa  194  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  31.78 
 
 
755 aa  194  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  29.45 
 
 
509 aa  193  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  27.42 
 
 
844 aa  192  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  25.7 
 
 
847 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  25.7 
 
 
847 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  28 
 
 
852 aa  191  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  25.92 
 
 
847 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  28.34 
 
 
625 aa  190  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
721 aa  189  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  25.44 
 
 
844 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
762 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
709 aa  187  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  29.73 
 
 
723 aa  187  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  29.57 
 
 
732 aa  187  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  31.19 
 
 
770 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  30.52 
 
 
798 aa  186  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  25.29 
 
 
508 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.74 
 
 
846 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  30.94 
 
 
731 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  28.6 
 
 
772 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
874 aa  185  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
871 aa  183  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  31.56 
 
 
738 aa  182  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  29.59 
 
 
783 aa  179  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
864 aa  178  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  29.07 
 
 
689 aa  177  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  25.62 
 
 
895 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 
875 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  28.27 
 
 
842 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  25.99 
 
 
506 aa  174  5.999999999999999e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  29.03 
 
 
722 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  28.31 
 
 
822 aa  165  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  28.9 
 
 
760 aa  160  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  27.74 
 
 
936 aa  154  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  26.26 
 
 
980 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  26.26 
 
 
931 aa  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  23.67 
 
 
908 aa  144  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  27.58 
 
 
856 aa  141  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  24.29 
 
 
1871 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
865 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 
770 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  26.98 
 
 
812 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  24.76 
 
 
1280 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>